公證在合同訴訟中最重要的作用是強化證據的證明效力，減少法官或仲裁員認定和采信證據的時間。
然而，公證在數字簽名和電子證據領域的應用並不像簽署紙質合同時那樣可靠，甚至難以保證其可靠性和準確性。
我國目前的公證多為形式審查，即對公證人員所見所聞的事實進行公證，但電子證據在形成和傳輸過程中是否被篡改，不能僅憑事後所見所聞來確認，需要專業技術人員對文書簽署系統和技術的可靠性進行評估，進行技術鑒定。
公證處的公證員絕大多數不是技術專家，也不具備技術鑒定的專業能力和資質。所以所謂的電子證據公證是有瑕疵的，或者說是有局限性的。只能是對電子證據的外觀、載體或取證過程進行簡單的證據保全公證，不能作為全部事實證據。
因此，公證機構在電子數據司法鑒定中的可靠性和權威性非常弱。目前電子數據認證的權威機構是電子數據司法認證機構。
綜上所述，采用可靠的電子簽名技術的電子合同，其法律效力是有技術和法律雙重保障的。司法鑒定報告為電子證據是否被篡改提供了壹致的鑒定，避免了法官因缺乏專業知識而無法信任電子證據的麻煩。