《黑客帝國3》結局解析是尼奧通過讓史密斯感染自身從而讓母體得到了其源代碼，母體通過源代碼刪除了史密斯。尼奧已經被刪除了，他不應該在消失之後又存在反殺史密斯，這種進化脫離了母體控制，導致母體沒有史密斯的源代碼，所以史密斯對於母體來說不可控，而史密斯又具有強大的復制能力，理論上母體拿史密斯沒辦法而史密斯的不可控早晚會讓母體崩潰。
《黑客帝國3》觀感
面對如潮的電子烏賊，人類城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲與入侵者決壹死戰。此時，救世主尼奧的身體和思想卻意外分離，後者再度陷入到母體中，墨菲斯和崔妮蒂也不得不帶著尼奧的身體，回到母體和守護天使壹起尋找他。壹場大戰之後，守護天使、病毒雙胞胎等皆陣亡，而尼奧卻在找到先知之後壹無所獲。
錫安的局勢越來越危險，議員及指揮官相繼陣亡，機器的攻擊卻絲毫沒有因為人類的反抗而減弱。此時，被叛徒射瞎雙眼的尼奧，依然想通過希望去實現預言，這時，特工史密斯控制了先知，並變得越來越強大，威脅到了整個母體的穩定，在和機器的談判中，尼奧答應為了人類和機器的***同利益，去消滅史密斯。於是，母體又面臨著壹次翻天覆地的重載。