Alport綜合征家族患者的診斷:直系親屬中，應有4個標準，有例外；但對僅表現為不明原因血尿、終末期腎病或聽力障礙的旁系成員和個人的診斷應十分謹慎。判斷Alport綜合征家族中的家族成員是否參與:如果個體符合相應的遺傳類型，且符合標準2 ~ 10中的壹項，則可確診，符合兩項，則可確診。對無家族史的個體進行診斷，至少應滿足上述四項指標。
隨著對Alport綜合征致病基因和相關蛋白分子表達特征的認識和了解，美國學者提出了診斷Alport綜合征的“2/6”標準，符合以下6個標準中的2個，即可以診斷Alport綜合征:①血尿家族史，男性進展為終末期腎病；②電鏡檢出符合特殊Alport綜合征診斷標準1的腎炎家族史，或先證者壹級親屬或男性親屬有不明原因血尿，且無其他遺傳性腎臟疾病證據，如薄基底膜腎病、多囊腎或IgA腎病伴雙側感音神經性耳聾2 000~8 000Hz，兒童期早期進行性正常。但在30歲之前，出現了4 COL4A4或COL4A5基因的突變。5免疫熒光檢查顯示腎小球基底膜和/或皮膚基底膜不完全或部分表達Alport抗原決定簇。6 .腎小球基底膜超微結構普遍異常，尤其是7只眼病變增厚、變薄、裂開。8個先證者或至少2個家族成員，包括前圓錐晶狀體、後後囊下白內障的晶狀體和視網膜斑點，逐漸發展為終末期“腎病9大血小板減少癥”，或食管和/或女性生殖道彌漫性平滑肌瘤伴白細胞包涵體11-3-2 Alport綜合征，診斷為標準GBM增厚和分層；③進行性、高頻性和感音神經性耳聾；④前圓錐晶狀體和黃斑；⑤基底膜ⅳ型膠原鏈a3、a4、a5表達異常；⑥編碼ⅳ型膠原的a3、a4和a5鏈的基因突變。
總之，無論是Flinter的4個標準還是後來提出的10或6個標準，Alport綜合征的診斷都需要綜合的臨床和實驗室檢查信息。不僅要進行臨床綜合征的診斷，還要盡可能進行遺傳類型和突變基因的診斷，這樣才有可能對先證者進行診斷，為家族提供客觀的遺傳咨詢，才有可能對有需要的家族進行產前診斷。
臨床癥狀綜合征的診斷不僅要重視腎臟疾病的癥狀，如尿常規、腎功能檢查等，還要借助純音測聽、裂隙燈檢查等，判斷是否存在感覺神經性耳聾、眼部異常等“腎外癥狀”。至今仍認為GBM的特征性增厚和分層是診斷Alport綜合征的“金標準”，但確實有局限性。例如，在壹些非典型家系中，雖然腎臟病理可以診斷為Alport綜合征，但不能確定遺傳方式是X連鎖顯性遺傳還是常染色體隱性遺傳。又如壹些高度懷疑本病的年輕患者和女性患者，但GBM無典型病變，僅表現為GBM變薄。國內外研究認為，簡單的皮膚活檢檢測表皮GBMⅳⅳ膠原的a5鏈表達可用於診斷男性X連鎖Alport綜合征患者和女性X連鎖顯性遺傳Alport綜合征患者[66，67]。判斷結果時要註意:①如果表皮基底膜無a5(ⅳ)鏈表達，男性患者可診斷為X連鎖顯性遺傳Alport綜合征；女性患者間歇性表達可診斷為X連鎖顯性遺傳Alport綜合征。②由於部分X連鎖顯性遺傳Alport綜合征患者或基因攜帶者可有GBM ⅳ膠原a5鏈正常表達[67，68]，如果GBM ⅳ膠原a5鏈表達正常，不能完全排除Alport綜合征的診斷。③無癥狀基因攜帶者通常表皮ⅳ型膠原a5鏈表達正常。此外，壹些作者認為GBM中ⅳ型膠原a3-5鏈的表達減少也可能有助於Alport綜合征的診斷[69]。
基因診斷最重要的線索來自家族史，需要調查家族性血尿和腎功能衰竭。除了詳細詢問是否有近親結婚，還要做壹級親屬晨尿沈渣鏡檢，尋找無癥狀血尿甚至蛋白尿的家庭成員。無論是否有家族史，對被診斷患者及其家族史的調查結果都要用系譜清楚準確地表達出來。此外，結合的表皮和。腎臟組織中GBM ⅳ膠原A鏈的表達也能客觀診斷Alport綜合征的遺傳類型，如GBM、TBM和鮑曼不動桿菌囊壁a3、a4鏈的消失。A5鏈在GBM中消失，但在TBM、鮑曼氏囊壁和表皮基底膜中仍存在(表11-3-1)[70 ~ 72]。
篩查分析Alport綜合征家系COL4A3-5基因進行基因診斷，可以提供確切的遺傳信息，不僅可以提供遺傳咨詢，而且是確定無癥狀基因攜帶者的唯壹途徑，使Alport綜合征的產前診斷成為可能。但COL4A5基因長約240個堿基對，外顯子51。所以這種檢驗工作耗時耗力，需要比較完備的實驗室設備。我們期待著自動化和小樣本DNA分析技術和儀器的出現，以加速和簡化基因分析的工作量和過程。我國學者建立了壹套成本相對較低、檢出率較高的檢測基因突變的方法，即培養皮膚活檢成纖維細胞，提取RNA，通過RT-PcR擴增分析ⅳ型膠原a5鏈mRNA序列，突變檢出率為90%[73]。從65438到0995，歐美學者成功開展了X連鎖顯性遺傳Alport綜合征的產前診斷[74]。然而，由於X連鎖顯性遺傳Alport綜合征基因突變的多樣性，研究人員首先確定了該家系中的COL4A5基因突變，然後以突變區域的核苷酸序列為探針，與該家系中壹名孕婦妊娠10周時的絨毛DNA雜交，檢測出終止妊娠為基因突變胎兒。2006年，我國學者也成功開展了Alport綜合征的產前診斷。