第壹話
神原拓也，在他弟弟的生曰那天，突然接到壹個神秘的信息，讓他在17點45分到自由之谷車站搭車到涉谷，在車上又收到請在涉乖瘓搭地下鐵的信息。在坐電梯時，拓也見到了壹個十分冷酷的男孩。而這時發生了奇怪的事情，電梯竟壹直下到很深的地下！電梯打開時，面前是壹個車站。拓也上了車後，發現又有3個人在同壹輛車上。他們分別是柴山純平、織本泉和冰見友樹。列車到站後，4人已經來到了數碼世界。突然，凱路貝羅獸出現到處破壞。突然拓也發現了傳說中的炎之鬥士之魂，並與炎之魂合為壹體，用“魂之進化”進化成傳說中的十鬥士代表炎的阿古尼獸，將凱路貝羅獸打敗並將其的黑暗靈魂凈化。然而，退化回來的拓也卻不知道發生了什麽事。
第二話
拓也放出打敗凱路貝羅獸的數碼編碼使消失的大地復原，而拓也見到的那個名叫源輝二的冷酷男孩也來到了數碼世界。壹只叫波哥獸和壹只叫提問獸的數碼獸告訴他們數碼世界正被凱路比獸破壞。純平想和友樹回現實世界，於是用巧克力作誘餌來問帕古獸回去的方法。卻被壹大群帕古獸追著要巧克力而掉下壹地下迷宮。此時輝二和拓也、泉也分別進入地下迷宮。輝二見到被帕古獸們纏住的純平和友樹，就上前打敗了帕古獸，但其中壹只帕古獸卻進化成爛泥獸。拓也此時趕到，進化成阿古尼獸與爛泥獸戰鬥，卻突然就變回來了。但這時輝二突然遇到他的代表光的鬥士之魂，進化成狼獸，將爛泥獸打敗。然後輝二就獨自離去了。
第三話
純平和友樹決定不回數碼世界而和大家壹起。拓也又接到信息要去森林終點站。他們在某個地方見到有關十鬥士的記號和光明獸的圖樣，並聽波哥獸說了有關十鬥士和光明獸的傳說。突然許多蠟燭獸出現，原來這是蠟燭獸的村莊。波哥獸告訴蠟燭獸拓也得到了十鬥士之魂，於是蠟燭獸請大家接受招待。沒想到這是陷阱，蠟燭獸立即攻擊眾人。拓也讓眾人逃走，自己進化反擊。然而蠟燭獸不怕火系攻擊，阿古尼獸反而被困住。這時友樹奮不顧身去救阿古尼獸，突然冰之魂飛了出來，友樹立即進化成查庫獸。但壹只蠟燭獸進化成男巫獸，並用分身法迷惑阿古尼獸。查庫獸提醒阿古尼獸看影子，終於打敗了男巫獸。眾人又繼續上路了。
第四話
拓也他們在前進路上遇到岔路，拓也、友樹和泉、純平分別走壹邊。泉、純平來到了風景蕭條的微風村，見到了輝二，但他又立即離開了。兩人遇到弗羅拉獸，得知微風村以前是觀光勝地。於是兩人打算美化這個村以使其重新回到以前的樣子。然而蘑菇獸三兄弟突然出來搗亂，並追打純平。這時風之魂飛了出來，純平以為是他的鬥士魂而十分高興，然而這個魂卻不是他的而是泉的……泉進化成仙女獸，打敗蘑菇獸三兄弟。然而它們卻合在壹起進化成樹木獸，將仙女獸打退化。這時輝二趕到，進化成狼獸終於打敗了樹木獸。他將黑暗靈魂凈化後，蘑菇獸三兄弟變回正常。輝二將數碼編碼放出，微風村變回原來那樣美麗，隨後他又離開了。拓也和友樹因為路不通而折回來，而純平為只有他不能進化而沮喪。
第五話
眾人來到株式會社風工場，打算進去參觀壹下。工場的主要員工是小鹿角蟲，而小矮人獸則是監督。大家參觀完後來到小鹿角蟲獸的生活區，得知小鹿角蟲獸們是被迫勞動的。於是大家決定幫小鹿角蟲們脫離這個魔窟。但是純平因為沒有魂可以進化而很傷心。夜裏，拓也等三人進化開始行動。仙女獸在門口引誘敵人，阿古尼獸和查庫獸以及小鹿角蟲獸們則去破壞中樞部。然而等待大家的是場長阻擊獸和壹大堆小矮人獸。拓也他們被打敗。這時純平終於忍不住沖進工場中樞部。而這時純平終於發現了屬於他的雷之魂，進化成閃電戰獸，非常酷地打敗了阻擊獸。同時中樞部被破壞，小鹿角蟲獸們自由了。
第六話
眾人沒有錢但是又很餓，於是決定打工。他們見到貝殼滑溜獸，聽說村裏來了個洞穴獸，抓走了村子裏的女孩來威脅它們說出山裏的數碼編碼。他們跟隨貝殼滑溜獸來到它們居住的山，見到輝二，決定聯手去救那些女孩。純平說出大家是傳說中的鬥士，結果貝殼滑溜獸臉色大變。晚上，當眾人醒來時，發現被貝殼滑溜獸綁住，想用五人來交換人質。原來洞穴獸也是傳說中的十鬥士之壹，但是卻是屬於邪惡的十鬥士。澄清事實後，眾人進化與洞穴獸戰鬥，終於救出人質並打敗洞穴獸。沒想到洞穴獸突然變成了巨巖獸，實力大增。它打敗眾人並吸收了山的數碼編碼，使整座山消失了。
第七話
眾人分散了。拓也、輝二和友樹來到空中玩具王國，友樹對這裏的玩具很感興趣。而拓也和輝二為了對待小孩子的問題而吵起來。這時眾人見到熊仔獸，為了不被它纏住來玩而躲開。突然，邪惡熊仔獸出現抓走友樹，並用心碎攻擊使拓也和輝二覺得很傷心，接機逃走。拓也和輝二追到城堡處，但不慎掉入護城河，幸好壹只叫熊貓獸的數碼獸救了兩人，告訴大家玩具阿古獸被凱路比獸變得邪惡。兩人進入城堡，默契地打敗了眾玩具阿古獸，並將它們的邪惡靈魂凈化。兩人來到城堡頂部，發現原來友樹只是跟熊仔獸玩遊戲機而已……最後玩具阿古獸帶三人離開玩具王國。
第八話
眾人在草原穿行時見到刺刺獸——數碼獸小學的教師，於是決定去數碼獸小學參觀。在小學裏除了角獸以外的學生都排斥它。泉因為是意大利回來的所以很寂寞而很同情它。純平希望幫它交到朋友，反而受到反效果。角獸不小心掉到河裏，泉為了救它也掉到河裏，角獸進化成伽布獸救了純平。兩人了解到角獸因為可以進化而被同學所恐懼。這時下起大雨，河水泛濫而有沖走學校的危險。兩人進化阻止流水，但是壹個同學不小心被沖走，情況危急。這時純平和泉鼓勵角獸去救它，角獸終於下定決心進化救下了那位同學。經過這次事件，大家終於接受了角獸。隨後，在兩人離開草原的途中，與拓也等三人合流了。
第九話
眾人決定在森林裏野營，大家找了些肉食蘋果來吃。在烤食物時，大家討論了有關洞穴獸使用的獸型鬥士之魂，得知每個十鬥士有兩種鬥士魂。大家在吃東西時，月亮被雲遮住時，森林暗了下來，在樹幹上突然發出光來，放出現實世界的影象，但壹會兒又消失了。友樹在睡覺時做惡夢，夢到眾人欺負他，於是突然攻擊眾人，並進化成查庫獸不斷追擊眾人。拓也和輝二在逃走時發現壹直躲在暗處觀察眾人的食夢獸，於是兩人進化，由輝二抵擋查庫獸，拓也攻擊食夢獸。拓也被食夢獸的技能困住而做惡夢，但立即醒悟過來並明白查庫獸也做了同樣的夢。拓也立即打敗食夢獸並凈化了它的黑暗靈魂，友樹終於恢復神智。為了道歉，食夢獸幫大家做了個愉快的夢。在大家睡覺時，輝二突然接到有關獸型鬥士魂的信息……
第十話
眾人醒來發現輝二、波高獸和提問獸不見了，得知他們先走了，於是眾人也上路。輝二等見到壹只礦石獸，然後發現洞穴獸在礦石獸的村莊破壞。輝二進化與巨巖獸戰鬥，卻被打敗。礦石獸救了輝二，輝二更從而得知鬥士魂就在附近。此時洞穴獸遇到拓也等人，進化成巨巖獸打敗眾人並搶走泉的魂。輝二此時趕到將洞穴獸引到鬥士魂所在處但被打退化。礦石獸保護輝二完成預言，使傳說中的光之獸型之魂出現。輝二用獸型魂進化成獸型的伽路姆獸，然而輝二卻完全控制不了獸型魂，但其野性還是使其暫時擊退巨巖獸，隨後退化了。
第十壹話
洞穴獸為了打敗小朋友們，召喚了高樂獸……眾人因為意見有分歧，波高獸就帶大家去找薩滿獸占蔔。但是在占蔔的途中，洞穴獸帶著高樂獸殺到，並困住輝二不讓他進化。眾人進化迎戰，很辛苦地打敗高樂獸。但此時洞穴獸再次進化出擊，搶走了友樹的魂。就在此時，壹只神秘的數碼獸突然出現，以壓倒性強力打敗巨巖獸。原來這是薩滿獸被炎之獸型魂所困而產生的，它請求拓也幫它解脫。於是阿古尼獸打敗那只數碼獸並且與獸型魂融合而滑行進化成維托拉獸。然而，拓也同樣反而被獸型魂控制了而發狂。輝二只好進化成伽路姆獸與閃電戰獸迎戰，到底結果會如何呢……
第十二話
維托拉獸野性爆發而不斷攻擊同伴以及到處破壞。友樹奮不顧身地上前，對拓也說出自己的心聲，終於使拓也平靜下來，並成功退化。正當大家在森林中繼續前進時，不小心中了洞穴獸的陷阱，除拓也和友樹外其他人都不能動。拓也因為恐懼維托拉獸而只進化成阿古尼獸，但被巨巖獸打敗而退化。拓也為了救出被巨巖獸抓住的友樹，戰勝恐懼進化成維托拉獸，打敗巨巖獸。此時巨巖獸現出擁有的四個魂，維托拉獸拿走土的獸型魂和冰的人型魂，正想去拿風的人型魂時，卻被洞穴獸逃走了。雖然孩子們取得了勝利，但是新的敵人也即將出現了……
第十三話
眾人終於來到森林終點站，在數碼掃描器的指引下壹直來到了壹個城堡處。眾人在城堡裏遇到巫術獸，由它帶領到沈睡著的三大天使之壹的塞拉菲獸的房間。此時眾人也得知壹直指引大家的是另外壹個屬於三個天使的奧法尼獸。集合了數碼掃描器的光，使塞拉菲獸蘇醒。大家在塞拉菲獸口裏得知整個事件的原因。此時，洞穴獸帶著它的同伴，另外的四個惡之鬥士的其中三個闖入。塞拉菲獸擁有壓倒性的力量，但是惡之鬥士瞄準眾人攻擊分散塞拉菲獸的註意力，最終將塞拉菲獸打敗並吸收了它的數碼編碼，塞拉菲獸變成了數碼蛋。泉沖過去搶走數碼蛋，然後巫術獸犧牲自己保護眾小朋友們離開。懷著悲憤的心情，眾人乘火車離開了……
第十四話
波高獸決定做塞拉菲獸變成的蛋的媽媽。眾人下了火車後，來到了壹個封閉的山洞。這時在山洞裏的水池裏噴出水流打傷純平和友樹，原來那是鯨獸。眾人讓其安靜下來，得知它是因為洞穴獸的破壞而掉到這狹小的水池裏所以很難受。此時洞穴獸和代表木的邪惡鬥士樹獸趕到。洞穴獸變出很多高樂獸來攻擊眾人。純平為了保護眾人以及拿回泉的魂，與友樹壹起忍住重傷進化戰鬥。然而很快被打敗而退化，這時樹獸更進化成獸型花瓣龍獸，戰況十分不利。這時鯨獸出來幫忙，更帶來不小心吞進肚子的雷之獸型魂。純平立即進化成獸型的雷光獸，將洞穴獸打敗並將它的數碼編碼掃描，奪去它的人型魂和泉的魂。這時山洞崩塌，幸好鯨獸帶大家來到了外面的大海。
第十五話
代表水的邪惡鬥士拉娜獸因為還沒有找到她的獸型魂而惱怒。眾人來到壹個只有夏天的小島。而拉娜獸的影迷俱樂部的會員犀鳥獸發現眾小朋友，於是假裝開辦渡假屋，想趁孩子們在海上的時候偷走他們的數碼掃描器。然後在他們偷走男孩們準備偷泉的時候，泉還沒換衣服，這時泉聽到動靜，以為有人偷看她。這時大家發現犀鳥獸全部不見了，從而發現數碼掃描器被拿走了。正在大家追趕犀鳥獸時，拉娜獸突然出現。只有泉沒有被偷走數碼掃描器而進化迎戰。在戰鬥中，拉娜獸突然有感覺，潛入海底找到了自己的獸型魂，進化成極其醜陋的烏賊獸。這進化壹下使犀鳥獸們喪失對它的喜愛而決定退出俱樂部……幸虧它還未控制好獸型魂而飄走了，眾人逃過壹劫。但是這時眾人才發現犀鳥獸已經跑掉了……
第十六話
眾人發現犀鳥獸向另壹個小島前進。拓也和泉打算去追趕時卻被哥瑪獸阻止。眾人得知那個島原來是哥瑪獸所住的島，它們壹次出去購物時突然出現旋渦使它們無法回去。泉打算幫哥瑪獸回到小島，於是眾人造船打算去消除旋渦。然而在旋渦附近大家又碰到拉娜獸。小泉進化迎戰卻被打進旋渦而退化。而此時泉發現海底裏隱藏著她的風之獸型魂，於是泉立即進化成獸型的休簇獸。然而拉娜獸進化成烏賊獸，向其他人攻擊以引開休簇獸的註意而見其抓住。眾人於是不斷說烏賊獸壞話使休簇獸脫身。烏賊獸氣急敗壞地再次發動猛攻，然而又再次控制不住身體而再次飛走……因為旋渦消失，哥瑪獸們又能團聚了。在哥瑪獸的指引下，眾人向犀鳥獸所去的秋葉市場進發。
第十七話
眾人來到北方的秋葉市場，到處尋找他們的數碼掃描器。友樹來到分子獸的商店，幫它打贏遊戲得到獎品。隨後友樹發現了分子獸店裏有眾人的數碼掃描器，但分子獸不相信數碼掃描器是大家的，只讓友樹找貴重物品來交換。友樹找不到大家，反而碰到犀鳥獸。在被友樹追趕的時候，犀鳥獸掉到河裏。友樹救了犀鳥獸，它們卻忘恩負義拿走了原本用數碼掃描器換來的攝影機。這時樹獸搶走了犀鳥獸的攝影機，來到分子獸的店裏，要用攝影機交換數碼掃描器。分子獸從攝影機裏看到友樹救犀鳥獸的情景，明白友樹是誠實的，就把數碼掃描器還給眾人，並把剛才打遊戲的獎品——冰之獸型魂放進掃描器裏。友樹立即進化成暴雪獸，在阿古尼獸和狼獸的幫助下打敗花瓣龍獸。此時，奧法尼獸通過數碼掃描器讓眾人去薔薇的明星，眾人用泉在吃東西比賽中獲得的車票乘火車向更險惡的目標前進！
第十八話
眾人來到壹個鎮，那裏正舉辦壹年壹度的運輸獸比賽，由壹只運輸獸配壹個搭檔比賽。泉聽到比賽獎品與漢堡包有關，於是決定眾人壹起比賽，但是對手是強敵狼人伽魯魯獸（黑）與狗獸的組合。在比賽過程中，狼人伽魯魯獸（黑）和狗獸不斷耍奸計，使比賽不能公平舉行。眾人壹壹破解它們的奸計，但也壹壹退出。最終，拓也和它的搭檔率先沖過終點，取得勝利。正當泉高興的時候，才得知獎品是可以受到漢堡村的招待而不是漢堡包……
第十九話
眾人來到漢堡村，得知漢堡店店長被許多變色龍獸抓走，要他們今天晚上做好吃的漢堡包來交換，於是決定幫漢堡獸做漢堡。眾人做好後，由波高獸和提問獸來品嘗。雖然拓也和輝二說得很好聽，但兩人做的超難吃。但兩人十分不服氣，還要繼續再做……此時已是晚上，其他三人帶著友樹做的漢堡包來到外面，因為友樹做的漢堡包很好吃，三人被變色龍獸帶到壹城堡處。三人見到漢堡獸店長，店長吃了友樹做的漢堡包，大加贊賞。三人進化救出被抓走的漢堡獸店長的孩子並打敗變色龍獸。此時花瓣龍獸出現，三人才得知原來主使是花瓣龍獸。漢堡獸店長把加工後的漢堡包給花瓣龍獸吃，使它吃飽而睡著了。漢堡獸壹家終於團聚了。
第二十話
水、木、鋼之惡鬥士被凱路比獸召見。凱路比獸道出鋼之惡鬥士水銀獸隱瞞了塞拉菲獸的資料而使其很惱怒。眾人來到黑暗大陸，不安的預感籠罩整塊大陸……眾人遇到性行溫和的蝙蝠獸，但是樹獸卻立即出現吸收了蝙蝠獸的數據並進化成花瓣龍獸襲擊眾人。眾人進化成獸型迎戰，但是花瓣龍獸吃掉森林道理的樹木而變得巨大，實力大增，還能自我恢復，五獸對它毫無辦法。但眾獸團結起來，封鎖花瓣龍獸的攻擊並用合技將其打倒，最終將搶去木之獸型魂。此時最後壹個惡鬥士——代表暗的黃昏獸出現了，出乎眾人的意料，它竟然壹劍將樹獸殺死然後面對眾獸，壹場惡戰即將開始！
第二十壹話
暗黑獸擁有不可思議的戰鬥力，眾人根本沒有辦法傷到它，只好逃走。拓也認為大家壹定能打敗暗黑獸，但輝二認為這根本不可能，而應該先逃到安全的地方。拓也想出壹起攻擊的戰略，但被輝二所斥責。輝二和拓也兩人來到壹個地方單獨談，輝二告訴拓也暗黑獸的實力根本還沒發揮出來，但拓也堅信大家壹定能打贏。這時暗黑獸殺到，眾人只能用拓也的戰略迎戰。但是無論如何攻擊，即使是四只獸型同時攻擊，也傷不了暗黑獸，反而被它吸收了攻擊力。此時暗黑獸向火神獸攻擊，銀郎獸奮力抵擋下這招而退化。拓也痛苦地叫出輝二的名字，這時暗黑獸突然舉動異常，發出黑暗力量……拓也醒來時，面前是暗之車站。已完全絕望的他坐上了通往現實世界的暗之運輸獸……
第二十二話
暗之運輸獸到站時，已經是拓也剛開始搭車到數碼世界的車站。就在這時，拓也眼前出現黃昏獸的幻象……等拓也乘電梯上到2樓的電車站時，被眾人用奇怪的目光看著，才發現自己變成人不像人獸不像獸的樣子。拓也來到家外，發現他又回到自己出發去數碼世界的壹天。這時，他看到屋裏的自己收到信息趕去車站。他的意識希望不要發生之前的事而打算阻止他自己。在電車上，他發現壹個和輝二很像但不是輝二的少年。到站後，那個少年沒能趕上輝二和拓也的電梯而打算下樓梯，卻失足摔下樓梯，躺在地下卻仍叫著“輝……輝二”。到了車站處了，拓也打算用最後壹次機會阻止自己，但此時他卻看到了壹直和他壹起戰鬥的同伴們都上了電車，掛念同伴的心終於使他改變決定，鼓勵他自己上了電車。隨後，暗黑獸的幻象再次出現，拓也此時終於找回信心，壹拳將幻影打散……接著，暗之運輸獸再次出現，拓也毫不猶豫地決定坐上運輸獸！——信心十足的火神獸走出運輸獸，他回到了數碼世界了！
第二十三話
泉、純平和友樹被娜娜獸和眼鏡獸抓起，數碼掃描器也被奪去。此時身受重傷的輝二發現眾人但不敢輕易出戰。火神獸從塞皮庫獸處得知娜娜獸和眼鏡獸的去處，立即趕去。娜娜獸準備殺死純平，迫使輝二出戰。但是眼鏡獸和卡瑪拉獸的實力很強，野狼獸被打倒。此時火神獸趕到，並且感受到了大自然的力量。在大自然的力量的幫助下，火神獸救出眾人，並壹起以比以前強大幾倍的力量打退卡瑪拉獸和眼鏡獸。然而，正當大家為重聚而歡喜的時候，眼鏡獸又有了更可怕的計劃……
第二十四話
眾人繼續向玫瑰明星前進。然而，突然壹陣風吹過，眾人被吸到壹個古怪的東西裏。眾人正在觀察時純平突然被從墻山伸出的壹只手推到壹個類似眼睛的東西處，來到了另外壹個空間。突然火山獸出現攻擊純平，而且不斷地對純平說其他人的壞話，想離間他和其他人的感情。純平奮力打倒火山獸，但是心仍不能平靜。此時突然出現了電光獸的影子，說出純平以前是靠東西來交換朋友的，並弄出其他四人的假象不斷說純平的壞話。純平不敵電光獸的影子，被打退化。關鍵時刻，真正的四人闖了進來，給了純平莫大的信心，他進化成雷光獸，終於打敗了自己的影子，通過了這壹空間。然而此時大家又被出現的手分別推到了另外五個空間裏。
第二十五話
原來把眾人困住的是鋼鬥士的獸型塞菲羅托獸。友樹突然遭到神秘數碼獸的攻擊，但突然又有壹神秘的全身被包住的叫做阿修羅獸的數碼獸出現，救下友樹，並稱是他的朋友。與此同時，輝二遭到可以解讀思想的天狗獸攻擊，並說出他很害怕擁有朋友的事。但輝二還是以速度制勝將其打倒。另壹方面，友樹被阿修羅獸所逼迫時，想起哥哥斥責他的話，明白阿修羅獸幫助他其實是為了自己。這時阿修羅獸現出原形，原來它正是壹開始攻擊他的數碼獸。友樹終於明白哥哥以前總說他很任性，會交不到朋友的話是關心他而不是氣他。友樹進化打倒阿修羅獸，帶著對哥哥的重新認識，從塞菲羅托獸的身體裏出來了。
第二十六話
塞菲羅托獸***有十個空間，分別代表十種屬性。泉在所在的空間裏被娜娜獸影迷俱樂部的蜜蜂獸們盯住，打算抓住她。誰知道每壹次的陷阱都反而把自己困住而要仙女獸來救。另壹方面，拓也打敗鸚鵡獸通過了壹個空間，而且純平也打敗了樹靈獸而逃出了塞菲羅托獸。娜娜獸命令蜜蜂獸拿蘋果給泉吃，泉吃下後眼前出現幻影，看見醜陋的自己，想起以前壹次郊遊中，認識了壹個朋友，本來約好晚上壹起吃飯，卻因為那個學生的同學排斥她而使那個學生無奈地失約，泉為此十分地恨那個學生。娜娜獸說泉的壞話，但泉反而被激起渴望變強的意誌，進化與娜娜獸決鬥。本來蜜蜂獸為卡瑪拉獸加油，但是風神獸在占下風時仍堅持不懈的意誌感動了蜜蜂獸使它們決定轉為泉的影迷。泉於是努力將卡瑪拉獸打倒並將它的兩個魂都拿走，然後也離開了塞菲羅托獸的身體。現在只剩下四個空間和輝二、拓也兩人了……