醫學動畫制作是壹個復雜的過程，除了要進行普通的三維動畫制作流程之外，還需要專業的醫學人員提供有關制作的資料，醫學指導人員要壹跟到底，指導項目完成，這是制作醫學動畫的特別之處。
悅揚傳媒三維動畫公司
醫學動畫的造型是不規則的，沒有具體的幾何結構，比如小腸不能畫成圓柱，肝臟不能畫成球，但無論是哪種造型都必須滿足醫學目標本身的要求。
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醫學動畫制作素材要比壹般動畫更需要逼真的紋理，如果構造的細胞材料的結構看起來像塑料，就會讓動畫看起來假，影響內容的可信度，因此“逼真”是醫學動畫的基本要求和標準。
醫學動畫的演示常常伴以解說、音響和音樂來補充和加強信息傳達效果，大大提高了信息的傳遞效率，如果聲音運用得不合理，聲音切入太突兀或者聲音切入太生硬，聲音與畫面主體相差太遠都會影響動畫的效果。
醫學動畫制作要註重標準色彩的運用。在設計中應該遵守常見的顏色，如紅色動脈，藍色靜脈、黃色神經和綠色淋巴結。有些物體沒有特定的顏色，如細胞和分子，那麽可根據圖片和科學內容的需要進行合理想象。