因為宇智波壹族要政變。
宇智波壹族雖被木葉委以重任，但全族卻越來越遠離權利核心。族內對木葉高層頗為不滿，作為族長的宇智波富嶽計劃政變，他發現自己的父親就是策畫武裝政變的黑手後。再加上自己是暗部的壹員，之後由於團藏的威脅讓他將宇智波壹族抹殺。
在經過壹番掙紮以後，熱愛和平的鼬最終選擇了倒向木葉壹邊。為了村子的和平，他選擇了聽從木葉高層的命令，和偽裝成宇智波斑的帶土壹同殺掉所有的族人。但是鼬十分疼愛自己的胞弟，因此滅族的同時只留了壹個佐助。
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1、團藏的滅族行動
宇智波壹族發動政變也被木葉高層註意，團藏也因此策劃著壹舉鏟除宇智波壹族以絕後患的計劃。因為他無法信任宇智波壹族，所以奪取了本想阻止宇智波壹族謀反的止水的右眼，並以“可以保全佐助的性命”為理由叫雙重間諜身份的宇智波鼬做出了選擇，而團藏的計劃才可以繼續實行。
2、後續
政變當晚宇智波鼬和宇智波帶土（之前鼬找到他答應幫他向宇智波壹族復仇但不許他對村子和佐助出手）聯手誅滅全族，宇智波鼬含淚與父母道別，他們將佐助托付給了鼬，並給弟弟設定了壹個向自己復仇這壹目標之後逃離木葉，臨走前威脅團藏如果敢傷害佐助就將村子情報出賣給敵國，逃離之後聽從帶土的建議加入了曉組織。三代目火影默許了這個事實並答應鼬保護他的弟弟。