早在千手柱間（初代火影）與宇智波斑建立木葉之初，宇智波斑為爭奪木葉的首領地位，和初代決鬥，結果被打敗。但宇智波壹族卻並不能心悅誠服地歸順木葉。第二代時期，為更好的鞏固統治，第二代建立了特務機構——暗部，為的就是讓宇智波壹族連自己人都變得不可信，等宇智波壹族明白過來已經晚了。後來以宇智波鼬的父親為首，這壹族又變得具有了反動傾向。而宇智波鼬正是被木葉從小就培養的間諜，壹直都在為木葉辦事，盡管他又成為了宇智波壹族派到木葉的間諜（這樣他就成為了雙重間諜），但天生宇智波鼬就是善良的人，加之經歷過數場血淋淋的戰鬥，宇智波鼬早就對戰爭深惡痛絕了，他不希望族人再為了復興而爆發大規模的血戰，所以，他只好執行了木業高層的命令。
其實這個命令是經過團藏和兩位高級顧問達成壹致的，第三代雖然並不贊成，但也沒有辦法阻止。宇智波鼬滅掉壹族人之後，跪求第三代壹定要保護佐助，自己帶著全村人和弟弟的痛恨與不解傷心的離開了木葉。 被復仇的黑暗囚禁，委身與邪惡之力的佐助，鼬認識到把弟弟從這個邪惡的束縛中解放出來，就是自己最後的使命…
把佐助逼至極限而出現的蛇，被靈劍?6?4十拳劍完全的封印住。與壹直垂涎宇智波身體的大蛇丸的因緣，也終於畫上了句號。
鳴人
在身為曉的行動中，鼬對某件事有了確信。那就是鳴人要救佐助，也要解救村子。因此把想法托付給了鳴人，與計劃壹起…
萬花筒寫輪眼
犧牲了自己，讓弟弟看到這個死亡的景象，鼬以此把萬花筒寫輪眼遺下給佐助—— 『我會繼續與妳***在』…鼬即使是死了也打算要保護佐助的身體。 漫畫是393到394話