有孔蟲是海洋食物鏈中的壹環。它的主要食物是矽藻、真菌、甲殼類幼體等。個別物種的食物是沙子。有孔蟲是浮遊生物的重要組成部分，也是大多數海洋生物的重要食物來源。
生存環境
現代有孔蟲絕大多數是海相的，只有少數生活在瀉湖、河口等微鹹水環境，廣鹽中少數可以生活在鹽度高於正常的鹹水中，少數可以生活在淡水中，如超科瓶頸中的個別種和屬。大多數有孔蟲生活在底棲生物中，少數為浮遊生物。底棲有孔蟲通常可以在海底緩慢移動，只有少數固定生長。
影響有孔蟲生長、繁殖和分布的主要因素是水溫、水深和鹽度。適當食物的可獲得性；基質的性質和氧氣的供應。現有的海洋有孔蟲種群由六種公認的不同動物組成，其中四種出現在較溫暖的海水中，兩種出現在較冷的海水中。