由於食物在口腔停留時間短暫，以致口腔唾液澱粉酶對碳水化合物的消化作用不大。胃液不含任何能水解碳水化合物的酶，其所含的胃酸對碳水化合物只可能有微小或極局限的水解，故碳水化合物在胃中幾乎完全沒有消化。碳水化合物的消化主要在小腸中進行。極少部分非澱粉多糖可在結腸內通過發酵消化。
腸腔中的主要水解酶是來自胰液的α-澱粉酶，稱胰澱粉酶，可使澱粉變成麥芽糖、麥芽三糖、異麥芽糖、α-臨界糊精及少量葡萄糖等。澱粉在口腔及腸腔中消化後的上述各種中間產物，可以在小腸黏膜上皮細胞表面進壹步徹底消化，最後消化成大量的葡萄糖及少量的果糖及半乳糖。小腸內不被消化的碳水化合物到達結腸後，被結腸菌群分解，產生氫氣、甲烷、二氧化碳和短鏈脂肪酸等，這壹系列過程稱為發酵。發酵也是消化的壹種方式。所產生的氣體經體循環轉運，再經呼氣和直腸排出體外，其他產物如短鏈脂肪酸被腸壁吸收並被機體代謝。