1.質譜:通過測量蛋白質的質量來研究蛋白質的特性，包括通過串聯質譜(MS/MS)分析蛋白質的氨基酸序列和翻譯後修飾。蛋白質相互作用網絡分析:研究蛋白質之間的相互作用，揭示蛋白質在不同細胞內通路中的相互作用和功能。
2.自下而上蛋白質組學策略:將蛋白質水解成多肽進行分析，廣泛應用於蛋白質組學研究。自上而下的蛋白質組學策略:使用不同的酶來獲得更長的肽，我們可以分析和識別在更長的肽鏈上同時發生的幾種翻譯後修飾。
3.自上而下的蛋白質組學策略:不經過酶解的過程，直接分析完整的蛋白質，提供更準確、更豐富的蛋白質完整生物學信息。靶向蛋白質組學分析策略，如SRM/MRM技術，通過兩級離子選擇消除大部分幹擾離子，提高目標檢測器的信噪比，實現高檢測靈敏度。
4.蛋白質組學和靶向蛋白質組學的發現:前者更註重蛋白質的篩選和動力學，後者更註重目標蛋白質或多肽的檢測，實現絕對定量。
蛋白質相關含量
1，蛋白質是生物體內重要的大分子，由氨基酸組成，是細胞和組織發揮功能所必需的。蛋白質具有多種功能，包括結構支持、催化反應、運輸和信號轉導。
2.蛋白質的研究涉及很多方面。首先，蛋白質的結構研究是了解其功能的重要手段。蛋白質的二級結構、三級結構和四級結構決定了其特定的空間構象，進而影響其生物學功能。通過X射線晶體學、核磁共振等技術，可以分析蛋白質的三維結構，從而更好地了解其功能機制。
3.蛋白質的修飾和調控也是壹個重要的研究方向。許多蛋白質在翻譯後會發生磷酸化、糖基化、乙酰化等修飾，這些修飾對蛋白質的功能有重要影響。研究這些修飾的酶促反應和調控機制有助於深入理解細胞信號轉導和代謝過程。
4.蛋白質組學的研究也是當前研究的熱點領域。通過對蛋白質的大規模分離和分析，我們可以了解蛋白質的表達模式，蛋白質之間的相互作用和網絡調控。這有助於發現新的生物標誌物、藥物靶點和治療策略。