三清山地質公園具特殊的大地構造位置和漫長的地質歷史,經歷了晉寧運動、加裏東運動、海西—印支運動、燕山運動、喜馬拉雅運動,這些地質構造運動留下了類型多樣、尺度不同、特征各異的構造形跡。它們既是地殼形變歷史的重要見證,也是地學科普旅遊的重要素材,也是三清花崗巖成山成景的主要控制因素。主要類型有褶皺(圖版Ⅱ之1、2)、逆沖推覆構造、斷裂和節理等。斷裂和節理構造將作為控景因素在第六章進行詳細論述。
(1)褶皺構造:在區內常見由新元古界和古生界地層組成的褶皺構造,不同尺度的褶皺形態典型、出露良好,軸向總體為北東—南西向,分布於區內的北西和北東部,屬於侏羅山式褶皺,由南華系—誌留系沈積蓋層組成。侏羅系地層不整合覆蓋於褶皺構造之上,推測可能為印支期褶皺(尹國勝等,2007)。主要有黃土嶺復式背斜和華眉山向斜。
——黃土嶺復式背斜:屬於區域內黃土嶺-開化復式背斜的壹部分,因位於黃土嶺壹帶而得名。三清山地質公園正處於復式背斜的核部,其核部由南華系組成,翼部為震旦系和奧陶系地層。復式背斜以主背斜為主,發育有系列區域性次級背斜或向斜構造,在公園北西部延伸約15km。其軸線走向為北東向,褶皺向北東傾伏、向南西展布。軸面近90°,呈直立狀,兩翼產狀不壹致,北西翼產狀較陡,約330°∠60°,而南東翼產狀較緩,約135°∠50°。南東翼廣泛出露,可見次級褶皺構造。
——華眉山向斜:分布於公園的北東部,核部由下奧陶統地層,翼部由下寒武統地層組成。其軸向北東-南西向,在區域上從北東端延伸至南西端,軸線走向約70°,北西翼傾角比南東翼傾角略大,北西翼的產狀為330°∠50°,南東翼的產狀為110°∠40°。
(2)逆沖推覆構造:在區內玉山縣的壹個晚白堊世盆地邊緣,新鮮工程面揭露了壹個“兒子背老子”的反常地層疊覆現象,即侏羅系地層推覆在下白堊統紅色砂礫巖之上,這是壹個典型的推覆構造遺跡景觀。說明地質公園南側的信江盆地,在中生代末萎縮消亡,在新生代早期即古近紀由於受到喜馬拉雅山造山運動的影響,區域地殼不僅發生升降活動,也發生擠壓、走滑及盆地邊緣的逆沖推覆活動。