1988年，康佑碩以執導愛情電影《新娘甜蜜蜜》出道。
1991年，執導了金聖玲、安聖基主演的驚悚懸疑片《誰見過龍的腳爪？》，該片獲得第27屆韓國百想藝術大賞最佳男演員在內3個獎項，第29屆韓國電影大鐘獎最佳男配角在內5個獎項。
1993年，執導了喜劇電影《特警冤家》（又名《兩個警察》），該片以新鮮素材和新穎手法打開了韓國電影的突破口，引發關註。影片獲第15屆韓國青龍電影獎最賣座韓國電影獎，第30屆韓國百想藝術大賞電影類獎項大賞在內5個獎項，康佑碩獲最佳電影導演獎。
1996年，執導並監制了喜劇電影《特警冤家》的續集《特警冤家2》，該片由樸重勛、金寶城主演，影片獲第17屆韓國青龍電影獎最賣座韓國電影獎，康佑碩獲最佳電影導演提名。
2002年，拍攝了警匪動作片《公***之敵》，影片創下300萬觀眾記錄，康佑碩因此獲得第23屆韓國青龍電影獎最佳導演提名；5月，由康佑碩監制的傳記電影《醉畫仙》上映，該片獲得第23屆韓國青龍電影獎最佳電影。
2003年，康佑碩執導並監制了再現“實尾島暴動事件”始末的動作片《實尾島》，該片上映58天觀影人數超過1000萬，是韓國影史上第壹部觀影人次破千萬的電影。影片獲得第25屆韓國青龍電影獎最佳電影獎，康佑碩獲最佳導演獎。
2006年，導演了由車仁表、文成根、趙在鉉、安聖基主演的動作劇情片《韓半島》，該片是第壹個在青瓦臺全程實景拍攝的電影。影片上映3天即拿下當周票房榜冠軍，這也是自2006年5月初後11個星期，首度有韓國本土電影登上票房榜榜首。
2008年，因拍攝警匪動作片《公***之敵》的續片《公***之敵3》，康佑碩獲得第45屆韓國百想藝術大賞電影類獎項-大賞，並獲得最佳電影導演提名。
2010年，執導了改編自同名網絡漫畫的懸疑電影《苔蘚》，由樸海日、鄭在泳主演該片獲第47屆韓國電影大鐘獎、第31屆韓國青龍電影獎和第47屆韓國百想藝術大賞最佳影片提名。康佑碩獲第47屆韓國電影大鐘獎和第31屆韓國青龍電影獎最佳導演。
2011年，繼《幸福與分數無關》21年後，康佑碩再次嘗試喜劇題材，執導了勵誌喜劇片《棒球之愛》，該片采用了《苔蘚》的原班人馬打造。
2013年，執導了改編自同名網絡漫畫的動作片《傳說的拳頭》，影片由黃正民、劉俊相、李瑤媛、尹濟文主演，獲第16屆上海國際電影節主競賽單元金爵獎提名。