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2011《自然》雜誌5月13日的壹篇文章報道:“重編程細胞的同源移植也會被排斥。”加州大學聖地亞哥分校的研究人員將從小鼠體細胞改編的iPS細胞分化而來的成年細胞移植到細胞衍生小鼠體內。他們認為相同的遺傳背景不會導致排斥，但小鼠很快就排斥了移植的細胞。這是壹個致命的問題，會讓所有關於細胞重編程的研究付之東流。因此，直到現在，重編程技術只能應用於免疫-免疫器官如眼睛。目前不清楚拒絕的原因，可能的原因有:1。病毒抗原；2.基因突變；3.表觀遺傳變化；4.細胞年齡太幼稚等等。