專業設置:學院專業學科層次學制航海學院交通運輸工程本科四航海技術工程本科四物流管理工程本科四海洋工程本科四海洋電子電氣工程本科四海洋與海洋工程本科四水產動物科學本科四水產科學本科四海洋漁業科學與技術本科四動植物檢疫科學本科四食品學院 及生物工程科學與工程(食品科學與工程、生物工程、環境工程)理工科本科四體育教育與體育(文、理)本科四社會體育指導與管理體育(文、理)本科四體育訓練體育單招本科四武術與民族傳統體育單招本科四經濟學學、理學四國際經濟與貿易學、理學四金融學、金融學本科四投資學、 會計學本科四門、教育技術本科四門、學前教育本科四門、文史本科四門(語言方向)、數學本科四門、工商管理本科四門、市場營銷本科四門、旅遊管理本科四門、電子商務本科四門、音樂藝術本科四門(文、理)本科四門音樂表演藝術(文、理)本科四門舞蹈表演藝術(文、 理科)本科四美院藝術(文、理)本科四視覺傳達設計藝術(文)本科四動畫藝術(文)本科四環境設計藝術(文)本科四環境設計(閩臺合作項目)藝術(文， )本科四信息工程學院電子信息工程本科四通信工程本科四電子科學與技術本科四計算機工程本科四軟件工程本科四網絡工程本科四信息管理與信息系統本科四機械與能源工程學院機械(含機械、能源與動力)科學與技術本科四機械設計、 制造及其自動化(閩臺合作項目)理工本科四數學與應用數學理科本科四信息與計算科學本科四應用物理本科四地理信息科學本科四光電信息科學與工程本科四光電信息科學與工程(閩臺合作項目)理科本科四外語大學英語(師範)、理科本科四英語、理科本科四漢語、理科本科四翻譯文、法學本科四、 文史類、法學本科四門(海商法方向)、社會工作本科四門、文學與文史類、漢語言文學本科四門(商務文秘方向)、漢語國際教育本科四門、文史類、工程管理與工程本科四門、教育部指定的國家預科本科四門截至8月31、2014、科學基金壹有專任教師1524、1438 有1168博士和碩士。國家級教學團隊1個，省級教學團隊7個。截至2011年底，1人入選“新世紀百千萬人才工程”國家級人選，13人入選“福建省百千萬人才工程”，7人入選“福建省高校新世紀優秀人才支持計劃”，5人受聘為院士。
國家教學團隊:輪機工程學科教學團隊。
省級教學團隊:微生物教學團隊、機械工程教學團隊、海洋工程教學團隊、水產養殖教學團隊、船舶與海洋工程專業核心課程教學團隊、公共數學教學團隊、航海技術教學團隊。截至2013年9月，學校擁有2個壹級博士點，9個壹級碩士學位授予點(涵蓋兩個學科56個碩士學位授予點)，2。本科專業涵蓋工學、農學、經濟學、管理學、教育學、理學、文學、法學、藝術學等9個學科門類，2個壹級學科被列為福建特色重點學科，8個壹級學科被列為省級重點學科。福建特色重點學科(2)水產、海洋工程和福建省重點學科(8)水產、食品科學與工程、海洋與海洋工程、交通運輸工程、體育、數學、應用經濟學、中國語言文學。
壹級學科包括博士點(2)水產、船舶與海洋工程(9)壹級學科包括水產、生物、食品科學與工程、交通運輸工程、船舶與海洋、體育、應用經濟學、數學、中國語言文學(4)農業推廣碩士、工程碩士、教育碩士、稅務碩士。
截至2013年9月，學校擁有4個國家特色專業建設點，1個國家級教學團隊，1個國家級實驗教學示範中心，1個國家綜合性本科專業改革試點項目。11省級專業建設點，11省級專業綜合改革試點，37門省級精品課程。有水產科技實驗教學示範中心、生命科學基礎教學示範中心、電工電子實驗中心、機械基礎實驗中心等省級實驗教學示範中心，有福建省漁業研究生教育創新基地等省級研究生教育創新基地。
2013年，學校進入福建、安徽等12省份第壹批招生。其中，福建、安徽、河南、西藏、山西五省在本批次安排了除航海、水之外的文理類招生專業。江西、貴州、甘肅、河北、四川、江蘇、雲南等7個省份將部分招生專業提升至本批次招生。福建省有壹個“中國近現代史綱要”教師培訓和研究基地。
國家特產(4)
海洋工程、金融、航海技術、水產養殖
省級專業(10)
水產養殖、食品科學與工程、海洋工程、金融、法律、航海技術、計算機科學與技術、會計學、民族傳統體育、熱能與動力工程。
國家級實驗教學示範中心(1)
航海專業實驗中心
國家本科專業綜合改革試點項目(1)
航海技術
省級專業綜合改革試點(11)
水產養殖、航海技術、食品科學與工程、機械設計制造及其自動化、海洋工程、初等教育、通信工程、船舶與海洋工程、熱能與動力工程、計算機科學與技術、光信息科學與技術。
省級精品課程(37門)
高等數學、航海、大學物理、宏觀經濟學、編譯原理、微生物學(含實驗)、田徑、公司金融、機械原理、中國古代文學、有機化學(含實驗)、機械設計基礎、WEB編程技術、會計學、船用輔機、金融學、運動生理學、船用雷達與ARPA、船用電氣設備與系統、武術理論與實踐。航海自動化基礎、船舶柴油機、軟件工程、生物統計學與計算機輔助分析、排球、教育學、計算機音樂、遠洋商務與海商法、動物生理學、傳熱學、船舶貨運、水生動物病理學、食品原料學。
省級人才培養模式創新實驗區(8個)
小學教育專業人才培養模式創新實驗區，基於強化實踐技能的輪機工程專業復合型人才培養模式創新實驗區，機械設計、制造及其自動化專業人才培養模式創新實驗區，航海技術專業應用型人才培養模式創新實驗區，應用型創新人才工程培養實踐教學創新實驗區， 三化融合理念下的嵌入式與智能信息處理人才培養模式創新實驗區，食品科學與工程專業人才培養模式創新實驗區和社會體育專業創新實驗區。