按照中國地質調查局的要求，使用MapGIS軟件系統編制地質圖，需按以下步驟操作：
（壹）地理底圖的準備
地質圖件壹般都是在高質量地理底圖的基礎上添加相應的專題內容而成。地理底圖的準備，包括掃描原圖和矢量化兩步。
1.掃描原圖
通過掃描儀直接掃描原圖，將掃描圖以柵格形式存貯於圖象文件中（如TIF格式）。在進行掃描時，要調整好掃描儀的掃描參數，以提高掃描精度。
2.矢量化
首先，打開MapGIS的圖形編輯模塊，將掃描好的柵格圖象調入，如果掃描的圖形文件不能打開，說明數據格式不對，可用“多源圖像處理分析系統（MsiProc）”轉換為MapGIS專用格式，或用圖形編輯軟件（如Photoshop）轉換為TIF 格式。然後，利用MapGIS提供的智能掃描矢量化子系統進行矢量化。
需要說明的是：在開始矢量化以前，要通過認真讀圖，了解整個圖形要素與結構，參考地質制圖的行業及國家標準，根據壹定的目的和分類指標，做好圖層字典的設計工作，對圖形要素進行分類，每壹類作為壹個圖層，並對每壹個圖層賦壹個圖層名，便於以後對圖形進行編輯和檢索，並可根據需要制作專題圖。根據地質圖件的地圖要素，將圖形要素分別存放於點文件（*.WT）、線文件（*.WL）、區文件（*.WP）三類文件中，使不同的圖形實體存放在不同的圖層上，便於以後的利用。例如，在地理底圖矢量化時，將地形等高線、河流、公路，鐵路、村鎮、建築物等要素存放在不同的圖層上。另外，要將地理底圖上的坐標網單獨存放在壹個圖層上，為後續的圖形校正提供數據點。
圖件矢量化後，就要進行圖形的編輯處理工作。MapGIS編輯子系統提供了對點、線、面三種圖元空間數據和圖形屬性編輯的功能。包括圖形編輯功能、拓撲分析功能、圖形存取功能及錯誤檢查功能。圖形編輯功能用來編輯修改矢量結構的點、線、面三種圖元，進行刪除、移動、復制、連接、光滑、剪斷，填充顏色、花紋圖案修改等；拓撲分析功能使搜區、檢查、造區更加快速、方便、簡捷；圖形存取功能是將不同的地質要素置於不同圖層中，便於編輯、修改、調用和管理；錯誤檢查功能是檢查數據錯誤、錯誤類型及出錯的圖元，從而提高數據質量。
（二）圖形校正
由於原圖圖紙變形和掃描時存在壹定的系統誤差，以及在矢量化時受操作人員的技能和采校點密度等因素影響，矢量化後的圖形數據會產生壹定誤差。所以，矢量化後的圖形數據必須經過編輯處理和數據校正（利用系統提供的誤差校正），消除輸入圖形的變形，才能滿足實際要求。
（三）地質要素及其他專題要素的繪制
在地理底圖準備好後，在其上繪制相應的地質要素及其他專題要素，如各種地質界線，地層分界線，斷層線、巖體界線等。專題要素，如繪制井上、井下對照圖，可在地理底圖基礎上添繪井巷工程、鉆探工程、回采工作面等要素。各種要素的繪制可利用系統提供的點、線、面生成和編輯功能來完成。在繪制時，可根據實際需要來擴充系統的子圖庫、線型庫和圖案庫，用戶亦可建立自己的子圖庫、線型庫和圖案庫。值得壹提的是，用系統本身提供的圖形處理功能可以完成各種專題圖的繪制工作，但效率較低。MapGIS作為軟件平臺，提供了豐富的二次開發函數及類庫，大大方便了用戶的二次開發。用戶可開發壹些專用的繪圖模塊，如巷道自動生成、鉆孔自動繪制、自動填充采空區等，以提高工作效率。另外，如果用戶已用其他系統開發了壹些地質繪圖軟件，也可將輸出的圖形文件改為MapGIS可識別的明碼格式數據，就可由MapGIS系統讀入，形成MapGIS格式的圖形文件。另外MapGIS可接受AutoCAD、Arc/Info、MapInfo等軟件制作的地質圖件數據並將其轉換成本系統內部的矢量結構，使地質制圖更加靈活、便捷。
（四）屬性編輯
MapGIS的最大優越性就在於空間數據和屬性數據的統壹存儲和管理，從而為地質信息的管理提供方便。要達到圖形數據和非圖形數據的統壹存儲和管理，就須進行屬性編輯工作。屬性編輯采用系統提供的屬性管理子系統來完成。MapGIS屬性管理子系統專門用於定義矢量數據的屬性結構，並且進行可視化編輯。它還提供了強有力的多媒體屬性庫創建、編輯工具。壹般地，屬性編輯在空間數據編輯之後進行，在建立數據庫之前完成，當然，在屬性管理子系統確定了屬性結構之後，用戶也可以在MapGIS編輯系統中壹邊修改圖形壹邊編輯圖元屬性。在MapGIS系統中包含點、線、區、網、表五類文件，而區域包括弧段和區兩種實體數據，相應地屬性可分為點屬性、線屬性、區屬性、弧段屬性和結點屬性五種。
（五）圖形輸出
圖形輸出通過MapGIS輸出系統來完成，是MapGIS系統的主要輸出手段，讀取MapGIS的各種輸出數據，進行版面編輯處理、排版，進行圖形的整飾，最終形成各種格式的圖形文件，並驅動各種輸出設備，完成MapGIS的輸出工作。MapGIS提供了三種圖形輸出方式：Windows輸出、MapGIS光柵輸出和Postscript輸出。其中以MapGlS光柵輸出使用較多，即先對圖形進行分色光柵化，形成可供輸出的分色光柵文件（*.NVL），再在打印機上進行輸出。這種輸出方式適合復雜、幅度較大的圖形輸出，解決了windows輸出的局限性，提高了圖形輸出的效果與速度。