法律分析：需要區分不同員工及依據公司的規章制度來發放工資，可分為以下五種情形：
（1）新型冠狀病毒感染的肺炎患者、疑似病人、密切接觸者在隔離期內按勞動合同約定支付工資；隔離期滿確診患者，按照勞動合同或企業規章制度約定支付病假工資標準（最低不低於本省低最低工資標準的80%）。
（2）正常復工上班人員根據勞動合同約定發放全額工資。
（3）遠程居家辦公員工按勞動合同約定標準發放基本工資、崗位工資；交通補貼、午餐補貼等津貼福利待遇依據企業薪酬管理辦法規定不再發放。當然，部分企業薪酬結構缺乏科學性，沒有拆分相關的薪資項目，不宜貿然扣發，而應選擇與員工協商壹致方可。無企業制度規定又未征得員工同意而扣發所謂的上述費用，屬於克扣工資薪酬，企業要承擔補發工資和經濟補償金或被責令支付賠償金的責任。
（4）縮短工時、輪崗待崗上班或執行其他靈活彈性上班之員工，按實際上班時間計發基本工資、崗位工資，或者根據雙方協商變更勞動合同約定之新標準發放工資薪酬。
（5）與復工員工協商確定浮動性績效獎金考核及發放標準。當然，企業在溝通浮動績效獎金發放標準時應結合企業績效薪資管理規定以及復工情況進行主動性溝通，而不應漫無目的做被動消極溝通。
法律依據：《人力資源社會保障部辦公廳關於妥善處理新型冠狀病毒感染的肺炎疫情防控期間勞動關系問題的通知》
壹、對新型冠狀病毒感染的肺炎患者、疑似病人、密切接觸者在其隔離治療期間或醫學觀察期間以及因政府實施隔離措施或采取其他緊急措施導致不能提供正常勞動的企業職工，企業應當支付職工在此期間的工作報酬，並不得依據勞動合同法第四十條、四十壹條與職工解除勞動合同。在此期間，勞動合同到期的，分別順延至職工醫療期期滿、醫學觀察期期滿、隔離期期滿或者政府采取的緊急措施結束。
二、企業因受疫情影響導致生產經營困難的，可以通過與職工協商壹致采取調整薪酬、輪崗輪休、縮短工時等方式穩定工作崗位，盡量不裁員或者少裁員。符合條件的企業，可按規定享受穩崗補貼。企業停工停產在壹個工資支付周期內的，企業應按勞動合同規定的標準支付職工工資。超過壹個工資支付周期的，若職工提供了正常勞動，企業支付給職工的工資不得低於當地最低工資標準。職工沒有提供正常勞動的，企業應當發放生活費，生活費標準按各省、自治區、直轄市規定的辦法執行。