首先，就研究方向而言，CS偏軟件，主要側重計算機系統、算法、計算機硬件、軟件與應用領域，包括人工智能，人機交互，信息安全，軟件工程，數據庫和信息系統，編程語言等研究方向，相比EE而言，對編程能力的要求更高；而EE交叉性很強，屬於物理層面，側重於硬件，更偏向於電路與系統、通信、電磁場與微波技術以及數字信號處理等領域。主要分為通訊與網絡，計算機科學與工程，信號處理，系統控制，電子學與集成電路，光子學與光學，電力，電磁學，微結構，材料與裝置，生物工程等11個方向。
其次，就其專業要求來講（主要針對研究生申請），與CS專業申請學生本科專業單壹不同，申請EE的學生國內對應的本科專業相對更加豐富，包括：電子工程，通信工程，電信工程，信息工程，電氣工程自動化，微電，光電信息，精密儀器，測控技術和儀器等。同時，諸如物理，材料科學與工程等專業也可以轉申EE.
最後，就就業前景而言， 雖然兩個專業的薪資待遇都比較高，但是CS就業方向相對更廣。CS 偏軟件，既可以去互聯網公司從事程序員 ，應用軟件開發，系統軟件開發，網絡開發 等基礎工作，也可以加入高端研發機構進行更高層次研發工作。
CS和EE兩個專業雖有交叉，但同時也存在著明顯的區別。在考慮專業時，壹定要根據自己的興趣和就業規劃進行抉擇，切勿盲目。