壹、行區政域不同：
1、大興安嶺：大興安嶺是興安嶺的西部組成部分，位於內蒙古自治區東北部，黑龍江省西北部，東北西南走向，為中國著名的山地。
2、小興安嶺：小興安嶺縱貫黑龍江省中北部。西北以嫩江為界與大興安嶺相連，東北至黑龍江岸，接大興安嶺支脈伊勒胡裏山，東部連接三江平原，東南抵松花江畔，與張廣才嶺相接，西南與松嫩平原毗連。
二、山脈走向不同：
1、大興安嶺：大興安嶺是東北西南走向，山嶺東部陡峻險要，階梯地形顯著，西部和緩，逐漸沒入內蒙古高原。山體比較渾圓，山脊不夠明顯，山頂緩平。
2、小興安嶺：小興安嶺是從西北向東南走。小興安嶺屬低山丘陵，地形特征是“八山半水半草壹分田”。北部多臺地、寬谷；中部低山丘陵，山勢和緩；南部屬低山，山勢陡峭。
三、物種不同：
1、大興安嶺：大興安嶺以興安落葉松為主。
2、小興安嶺：小興安嶺以紅松為主。