遊戲從跟隨Megan去見Sarif開始，Pitchard，到達Sarif的辦公室後，突然出現實驗室被入侵的警報。Sarif命令妳乘他的電梯去查看狀況，電梯密碼是0451。下了電梯後走到壹扇關閉的玻璃門前，看到幾名研究人員被改造者殺死，進入旁邊的房門四周燃燒的房間，搬開墻邊的箱子進入通風管道，出來後繼續前進來到壹間大廳，遇到兩名敵人，先熟悉壹下操作。本作很重要的壹環就是掩體模式，無論是潛行或是戰鬥都必須使用，在墻壁或或其它掩護物旁按鼠標右鍵進入掩體模式，再掩體中可進行盲射，如想精確瞄準則按前進或左右移動鍵探身射擊，在掩體的邊緣如果出現提示時，按按空格鍵可自動轉移到其它掩體後。
殺死敵人後來到樓上大廳，同樣解決其中的敵人進入走廊，看到保安和研究人員被壹會隱身的女人殺死，通過研究員被殺後身後開啟的玻璃門，進入大廳遇到多名敵人，解決後出門進入劇情。主角因受到改造者的攻擊生命垂危，被進行了改造手術。
開始去找Pitchard維修調試視覺系統，然後去停機坪找Malik搭乘飛機，在飛機上得知壹間公司被恐怖分子劫持，Sarif派妳去拿回臺風武器，並會詢問妳準備采取致命還是非致命手段，該選擇將決定妳的初始武器，武器又分為近程和遠程兩種類型，選擇致命手段的近程武器為左輪手槍，遠程為突擊步槍，非致命手段則為電擊槍和麻醉槍。如何選擇看妳偏好潛入風格還是強襲風格了。
和SWAT的隊長交談後出門從屋頂順著梯子爬下，直走左轉會遇到壹名敵人，潛行到其背後按Q可將其擊昏或殺死，需要消耗壹格能量，要註意的是如果較近範圍內有其它敵人將其殺死的話會立刻引起他們的註意，而被擊昏的敵人被發現後才會引起註意，殺傷性武器和非殺傷性武器效果同此。本作的玩法非常開放，除了直接與敵人交火之外同樣鼓勵潛入和隱蔽殺敵，例如解決首個敵人後妳可以跳上下圖中的集裝箱，從梯子爬上房頂後進入通風口直接進入室內，當然也可以利用地形躲避敵人而潛入，以後的遊戲進程中同樣大量存在此類捷徑。
解決或避開第壹層的敵人倉庫和走廊裏的敵人後需要黑掉壹扇安全門，打開進入裝配大廳解決裏面的敵人後上到對面的二樓的房間裏關著被劫持的人質，進入後毒氣炸彈會立刻開始倒數，妳只有26秒的時間黑掉定時器，如果失敗人質都會死亡，所以進房間前先存個檔吧。
進入走廊後註意監視器，趁它轉到其它方向時跑到監視器下方，等再次轉向時離開，註意屍體或被擊暈的敵人同樣會被監視器發現，所以應該在它轉回來之前拖到看不到的地方。經過走廊再次進入壹座大廳，清除其中的敵人後乘電梯上到服務器室，建議從圖中右側的通風管道直接進入控制室，因為前面過道裏有壹臺炮塔，進入控制室後發生劇情，過後從主控室上電梯，出電梯後解決其余的敵人會遇到挾持著人質的恐怖分子的頭目ZekeSanders，妳可以選擇殺了他(人質會死)，放他走(人質也會死)和說服他放了人質，前兩者基本沒啥好處可撈，說服他的話以後。連續3次選擇下面的對話選項就可以說服他，和人質對話後去找Malik返回Sarif工業，任務結束。
回去公司和Sarif對話後，他會讓妳去警局查看死去黑客的屍體以期找到更多襲擊者的線索。來到警局，當要靠近進入的內部時會遭到阻攔，如想強制進入則整個警局都會進入敵對狀態，和門邊警衛是室裏的妳的老同事WayneHaas對話。他因為兩年前壹次任務而對妳耿耿於懷，拒絕讓妳進入，依照PLEAD-CRUSH-ABSOLVE-CRUSH(下-右-左-右)的對話順序可以說服他讓妳進入。被允許進入警局後下到最底層的停屍間，搜索黑客的屍體拿到芯片，帶著芯片回到自己的寓所，使用電腦分析後得知入侵公司系統的黑客另有其人