網店管理系統其實在網店興起之時，早有市場嗅覺明銳的軟件人員在做了。那時候ebay還沒有在中國慘敗。更沒有現在拍拍、易趣等C2C後起的巨頭，市場上唯獨淘寶和易趣兩大家C2C平臺，以及零散在地域性上的小型C2C平臺。其實後者嚴格的意義上並不是平臺，更多的是實體店面的居多。而網店方面，商品分類，網店管理，網店流程管理，網店進銷存等等方面上沒有如今的完善。不過潮流已現，聰明的程序員想到這個市場。於是項目的創意和市場有了，很簡單也很明確；創意，為解決在網店管理過程中的繁瑣問題，市場，網店擁有者。
不過在初期，開發人員比較少，很多都是壹人獨立完成用戶需求設計，軟件功能設計等等工作，對用戶需求的了解也沒有如今詳細。做來的網店管理軟件，局限性比較大，只能解決用戶某壹方面的需求。如：圖片上傳工具，網店進銷存管理，訂單處理軟件。這些軟件解決了用戶的某些特定的需求，讓用戶的工作簡單化，有效的節約了時間。但是對用戶的整個網店管理，沒有起到支撐整體的業務作用，用戶還是得為某些重復的工作花費大量時間和精力。
隨著C2C流程的完善，更多的開發人員投入到裏面來了，也有不少的軟件公司加入這個行列。這是的網店管理軟件，能夠很好的貼近賣家用戶的實際操作，並且能夠很好的支持淘寶、易趣等C2C大平臺的交易流程。能對用戶的庫存、物流、店鋪管理起到壹個很好的幫助。但是對於銷售決策的支持，也就是滿足部分職業賣家的人工智能的數據分析，還是不能夠做到，或者是不能做得很好。
隨著各種功能的不斷積累，各種版本的不斷改進，現在的網店管理軟件的種類奇多，而且能適應用戶的某些特定的需求，如淘寶助理的指定頁面下載，可以把指定頁面的指定商品下載到自己的店鋪中；另外還需對用戶的銷售決策有數據支持，如用戶訪問量統計分析的量子衡道；還有要對用戶的流程規範管理，如ERP管理軟件，涉及到企業的進銷存管理，訂單管理、客戶管理、解決電商跨平臺線上線下業務管理難題的電商易ERP，同步三大主流C2C平臺：淘寶，易趣，拍拍的數據。
網店管理系統，相信在今後，會隨著電子商務的發展，而不斷出現新的，死去舊的。沈澱下精品，相信用戶的選擇的網店管理軟件，才是最後的選擇網店管理軟件。