《滇西1944》以1944年雲南富寧縣磨憨口片區為背景，講述了中國抗日戰爭期間民族英雄陳毅率領的壹支小分隊在滇緬邊境開展抗日遊擊戰爭的故事。主要角色包括：陳毅（男主角，年輕有為的抗日戰爭將領）、楊子榮（女主角，地下黨工作者，追求新生活，加入遊擊隊）、李小芳（男配角，陳毅的得力幹將）、李樹濤（男配角，年輕勇猛的遊擊隊員）等。
故事發生在高原山區，無法供給線、醫療設備落後、苦寒交迫，但遊擊隊員們堅決執行黨的指導思想，與敵人周旋鬥爭，堅守據點，支援友軍，打擊日軍。陳毅指揮遊擊隊與日軍作戰時，不斷調整策略，以少勝多，穩紮穩打。
同時，楊子榮也參與了經濟建設、醫療衛生等方面的工作。遊擊隊員們同舟***濟，攜手奮進，成為激發當地人民前進的強大動力。
電視劇充分展現了當時的軍事指揮、戰術策略、國際政治背景等方面的內容，同時也反映了南方高原地區的社會生活和民俗文化。
整部電視劇凸顯了忠誠、勇敢、堅忍不拔的革命精神，同時也表達了對抗侵略、保衛國家尊嚴的決心和信念。