電影將故事背景放在南宋時期嶽飛死後四年，秦檜率兵與金國會談前夜金國使者死在宰相駐地，密信也不翼而飛，而引發的壹系列充滿猜忌、懸念、反轉、感動的事件。
由於金廷大使半夜時被刺死，由易烊千璽飾演的親兵營副統領孫均負責審訊，由沈騰飾演的小兵張大因為認識金廷大使用來裝密信的皮囊，被孫均押往由雷佳音飾演的丞相秦檜處。秦檜假意授予令牌給張大讓其自由出入辦案。
張大與孫均前往審訊當晚唯壹進入過金廷大使的房間的舞女們，由張譯飾演的丞相府總管何立殺死壹位由林博洋飾演的舞女柳燕後，由王佳怡飾演的舞女瑤琴說出線索，當晚的打更時間有問題。隨後張大與孫均抓捕了由潘斌龍飾演的打更兵丁三旺。
丁三旺說謊稱是由郭京飛飾演的親兵營總統領王彪指使，還稱王彪給了他有金人火印的銀子，同時也在王彪的房間搜出來同樣的銀子，王彪怒火中燒想要殺死丁三旺，卻被孫均反殺。張大發現銀子上的金人火印是新烙的，隨後張大借由嶽雲鵬飾演的丞相府副總管武義淳的背景騙出密信下落。之後在尋找密信的過程中，張大反被丁三旺挾持，孫均殺死了丁三旺。
由魏翔飾演的金人傳譯官哈登欲返回金營，被張大所殺。隨後他們被秦檜指使繼續尋找密信。張大前往後廚與由余皚磊飾演的馬車夫劉喜會面，原來他們是壹夥的，劉喜攜帶真密信想前往借機殺死何立，並以花火為令。但劉喜供出花火，在看見花火後，隨後趕來的張大、孫均和武義淳為了消除嫌疑依次捅死了劉喜，而孫均借機抽走了在何立桌子硯臺下的真密信。
隨後張大、孫均和武義淳三人密謀，原來武義淳是聖上安插到秦檜身邊的間諜，為了驗證密信的真假，抓來舞女瑤琴辨識，她在閱讀後卻吞下密信。之後，武義淳將瑤琴藏匿於後院中，並把由飛凡飾演的舞女青梅偽裝成瑤琴自殺，企圖拖延時間來將瑤琴連夜帶回京城。但卻被何立以丞相手諭帶走壹同審問。
張大表面是想勸瑤琴出來，其實是在與她單獨商量計謀，企圖殺死秦檜。原來張大與瑤琴二人既是同夥又是是夫妻。在丞相府處，被張大說服的武義淳將佩刀偷偷地給了瑤琴，但瑤琴刺殺失敗。隨後，張大、孫均和瑤琴被秦檜審訊，而武義淳被何立借故當場殺死。之後孫均為了代罪立功請求審訊張大和瑤琴。
孫均在行刑中意外發現了張大背後的刺青“精忠報國”。何立想得到密信內容以求自保，但卻被瑤琴借機同歸於盡。由歐豪飾演的新親兵營總統領鄭萬奉命將張大與孫均關押了起來。在牢中，張大曉說服了孫均。隨後，張大在墻壁上寫下了那封密信的內容，企圖誘殺前來的秦檜。但張大卻被由許靜雅飾演的聾啞侍女藍玉阻擋，而後，孫均為了保護秦檜殺死了張大。
原來孫均配合秦檜演戲詐出了這封信的內容。之後孫均被升任為丞相府總管，單獨上樓會見秦檜。原來張大真的說服了孫均，但他因為沒有把握並沒有在牢中配合張大殺死秦檜。而張大壹夥人的真正用意是想知道嶽飛臨死前的遺言，而遺言只有秦檜知道。
在假借黑鳥引起的騷亂，趁亂殺死了藍玉與另壹位由蔣鵬宇飾演的聾啞侍女綠珠，並將秦檜押至眾將士面前背誦嶽飛的遺言，即詩詞《滿江紅》，同時全軍復誦。孫均與“秦檜”返回屋後，“秦檜”借孫均之刀自殺。
察覺到不對的鄭萬上樓卻被孫均所反殺，真“秦檜”也走了出來，原來自殺的“秦檜”是替身，而真“秦檜”並不知道嶽飛的遺言，也不知道假“秦檜”偷偷背誦並隱瞞了嶽飛的遺言。之後孫均把真“秦檜”綁了起來，帶領由張馳飾演的陳亮與黃炎飾演的胡永兩名左右護衛離開。結尾是由任思諾飾演的馬車夫劉喜的女兒桃丫頭引導了全軍復誦《滿江紅》。
《滿江紅》劇情評價：
《滿江紅》在塑造歷史人物上取得了較好的成績。可以看出，劇作者精心研究了有關歷史資料，加以提煉，使作品建立在充分的歷史素材的基礎上，同時又以新的構思出現於熒屏。創作態度是嚴肅的，摒棄那些封建文人著力渲染的封建迷信等情節，也不采錄如“牛臯氣死完顏兀術”等雖然反映了人民群眾的美好願望，但缺乏現實依據的無稽之談。
《滿江紅》把嶽飛塑造成南征北戰、堅決勇敢、正氣凜然的民族英雄。嶽飛其人，從外形到氣質，都使人感到與心目中的英雄是吻合的，真實而動人。該劇的缺點是著墨於人物較多而著墨於時代較少，不能從特定的時代的高度權衡這壹場關系到民族存亡的忠奸搏鬥。
《滿江紅》將漢族人民與女真貴族的矛盾大多只停留在南宋官員的口頭上，描繪的只是壹些浮光掠影，不能充分暴露南宋統治階級的罪惡和國之將亡的衰敗現象，人物性格既不能在典型環境中更加突出，也影響了深入挖掘嶽飛等正面人物行動的社會根源——愛國主義的民族思想。