B、因為海綿內有空隙，所以用手捏海綿，海綿的體積變小了，不能說明分子間有間隙，故B錯誤，不符合題意；
C、液體很難被壓縮，說明分子間有斥力，故C錯誤，不符合題意；
D、在做墨水滴入水中的擴散實驗中，看到的是由分子組成的水的運動，水分子的運動是肉眼看不到的，故D正確，符合題意．
故選D．