區別如下所示：
1、概念不同。
UNIX操作系統（尤尼斯），是壹個強大的多用戶、多任務操作系統，支持多種處理器架構。
Windows操作系統是最常見的計算機操作系統，是微軟公司開發的操作軟件。
2、特點不同。
UNIX系統大部分是由C語言編寫的，這使得系統易讀，易修改，易移植。提供了豐富的，精心挑選的系統調用，整個系統的實現十分緊湊，簡潔。
Windows操作系統具有人機操作互動性好，支持應用軟件多，硬件適配性強等特點。
3、結構不同。
UNIX的系統結構可分為三部分：操作系統內核（是UNIX系統核心管理和控制中心，在系統啟動或常駐內存），系統調用（供程序開發者開發應用程序時調用系統組件，包括進程管理，文件管理，設備狀態等），應用程序。
WindowsXP有家庭版、專業版、媒體中心版版本，是微軟面向消費者且使用Windows NT（即NewTechnology）架構的操作系統。
百度百科-unix
百度百科-Windows