中國科大的優勢學科主要是理科、新興工科和金融，下面簡單羅列。
理科主要包括：物理、數學、化學、生物、天文、地球。
工科主要包括：量子工程、核技術、新興材料、機器人、超級計算機、軟件、微電子、多媒體。
管理主要包括：金融（原數學系分出）和管理工程（國家重點學科）。
由於歷史原因和規模原因，物理的名氣在中科大最大，每屆的學生也最多。