神舟六號發射成功是在2005年10月12日。
“神舟六號”載人飛船的科學任務是中國實現兩人飛船發射和安全運行，進行地球表面骨細胞、心臟醫學、數字照片及測試飛船等科學實驗。“神舟六號”載人飛船上新增加了地球觀測儀器等40余臺設備和6個軟件，使飛船的設備達到600余臺，軟件82個，元器件10萬余件。
飛船上放置了盛有搏動的心肌細胞和貼壁伸展的成骨細胞的24個細胞培養盒，航天員和地面工作人員同步對兩份相同的活體細胞進行壹系列的科學對比實驗，研究空間環境影響心臟和骨骼的細胞分子機理，並通過空間實時飛行驗證放置在細胞培養液中、地面篩選出藥物的防護效果。
航天員分三個時段操作24個樣品盒，操作時，航天員將把細胞培養帶放置在腿上，按不同時段，擠破分別裝著激活劑與固定劑的兩種膠囊，激活或固定活體細胞，考察在飛船入軌前與入軌後不同重力條件下細胞樣品的狀態與變化。
神六的改進：
1、圍繞兩人多天飛行任務的改進。首先，準備了足量甚至余量的航天員消耗品，包括食品、水、睡袋等。食品櫃置於軌道艙中，以前處於空置狀態。按照每人每天壹個半暖壺的用水量，通過水箱和單獨的軟包裝兩種方式準備了航天員用水。
其次，提高了座艙的環境控制能力。壹人壹天呼出近壹升水，神舟六號提高了對水汽冷凝的能力，擴大了冷凝水箱，把所有裸露管線都貼上了吸水材料，確保飛船濕度控制在80%以下。艙內的氧氣、溫度和濕度都可自動感應並調節。
2、軌道艙功能使用方面的改進。放置了很多航天員生活的必需品，如食品加熱裝置和餐具等。軌道艙中掛有壹個睡袋，供兩名航天員輪流休息用。失重狀態下人其實可以浮在空中睡覺，但考慮到人在地面養成的習慣，所以通過睡袋人為地制造壹種“床”的感覺，否則航天員睡覺時可能會產生墜入萬丈深淵的錯覺。
軌道艙中還有壹個專門的清潔用品櫃，航天員可以用裏面的濕巾等物品進行清潔。大小便收集裝置這次也是首次使用。
3、提高航天員安全性的改進。返回艙中航天員的坐椅設計了著陸緩沖功能，這是為了在反推火箭發生故障時依然能夠保證航天員安全。神舟五號飛船裏只有楊利偉乘坐的那個坐椅有著陸緩沖功能，並且有個小的缺陷，就是返回前坐椅提升後航天員難以看到舷窗外的情況。
神舟六號對緩沖器進行了重新設計，並與整船結合進行了反復試驗，從高塔、飛機上拋下的3次試驗每次均獲得了成功。返回艙與軌道艙之間的艙門，如果在返回時關閉不嚴，將威脅航天員安全。俄羅斯曾經有3名航天員因此而喪生。
神舟六號科研人員研制成功了艙門密閉快速自動檢測裝置，並花費了數月時間研制出壹種專用抹布，這種布不產生纖維、靜電、異味，專門用來清潔艙門。
4、持續性改進。中國載人航天工程於1992年正式啟動，至今已經過去了13年，飛船上最初使用的元器件和原材料有的已經不再生產，個別技術已經稍顯落伍。神舟六號做了壹些日常的持續性改進。
比如神舟壹號到五號上的“黑匣子”，是1994年研制的，存儲容量只有10兆字節。當前的黑匣子不僅存儲量比原來大了100倍，而且數據的寫入和讀出速度也提高了10倍以上，體積卻不到原來的壹半。