工資超過5000扣稅可以根據最新的個人所得稅稅率表，然後使用工資納稅公式就可以計算得出需繳納的納稅金額。月薪5000，在沒參加社會勞動保險和交存住房公積金的情況下，應繳納個人所得稅385元。計算公式，應納稅所得額=月工資總額- 扣除費用標=5000-1600=3400，應納稅額=應稅所得額乘適用稅率-速算扣除數=3400乘15%-125=385，所以必須要了解繳納的五險壹金和專項扣除金額的已知數。沒有超過5000元則無需繳納個人所稅。
《中華人民***和國個人所得稅法》
第三條
個人所得稅的稅率：
（壹）綜合所戚祥得，適用百分之三至百分之四十五的超額累進稅率（稅率表附後）；
（二）經營所得，適高談搏用侍橡百分之五至百分之三十五的超額累進稅率（稅率表附後）；
（三）利息、股息、紅利所得，財產租賃所得，財產轉讓所得和偶然所得，適用比例稅率，稅率為百分之二十。”