在歐洲德國壹片森林的深處，鴻上基金會的研究小組解開了壹個封印，八百年前，煉金術師在這裏創造出了擁有神奇力量的金幣，由於金幣的力量太大而被封印這裏。為了得到金幣，研究小組根據鴻上會長的指揮打開了煉金術師封印的遺跡。誰知封印打開後，歐洲森林和東京新宿突然對調，心中充滿願望和野心的鋼之煉金術師卡拉(Gala)復活，四處搜尋核心硬幣企圖終結現有世界成為新世界的主宰。
卡拉(Gala)奪取人們欲望這種力量讓很多地方發生時間、空間錯亂。有的地方回到恐龍時代，有的回到江戶時代，映司、比奈和現代少年駿壹起穿越時空到了江戶時代，和德川八代將軍吉宗聯手與卡拉對抗希望挽救即將終結世界。