大興安嶺和小興安嶺區別是行區政域不同、山脈走向不同、主要樹種不同。
1、行區政域不同
大興安嶺分為內蒙古大興安嶺和黑龍江大興安嶺，位於內蒙古自治區東北部和黑龍江省北部。東北西南走向，為中國的著名山地。小興安嶺位於中國黑龍江省東北部，北部以黑龍江中心航線為界，與俄羅斯隔江相望，邊境線長249.5千米，是中國東北邊疆的重要門戶。
2、山脈走向不同
大興安嶺是東北西南走向，山嶺東部陡峻險要，階梯地形顯著，西部和緩，逐漸沒入內蒙古高原。山體比較渾圓，山脊不夠明顯，山頂緩平。小興安嶺是從北向東南走。小興安嶺屬低山丘陵，地理特征是“八山半水半草壹分田”。北部多臺地、寬谷；中部低山丘陵，山勢和緩。
3、主要樹種不同
大興安嶺有興安落葉松為主的針葉林帶和白樺為主的闊葉林帶，是我國重要的林業生產基地，素有“綠色寶庫”之稱。小興安嶺主要樹種有紅松、雲杉、冷杉、興安落葉松、樟子松、水曲柳、黃菠蘿、胡桃楸、楊、椴、樺、榆等，藤條灌木遍布整個施業區。
大興安嶺的氣候特征：
在中國境內，毫米年等降水量分界線、半濕潤區和半幹旱區分界線，以及牧區和農耕區的分界線，均以大興安嶺為起點，沿山體婉蜒南下。內蒙古草原的年均降雨量在300毫米以下，而蒸發量卻在2000毫米以上，草原的水資源幾乎全部來自從大興安嶺中流出的河流。
夏季，來自太平洋的暖濕氣流北上至大興安嶺，在沿著山脈爬升時冷凝降雨，將最後的水汽留在了山體東部的東北平原中，造就了世界上最肥沃的農作區之壹。
冬季，蒙古西伯利亞的冷空氣不斷南下，在翻越大興安嶺時，將森林蒸騰的水汽化為深可及膝的積雪。作為中國第二三級階梯起始點的山脈，大興安嶺耗盡了深入內陸的夏季風的力量，劃分出了季風區與非季風區。
以上內容參考：百度百科-大興安嶺
以上內容參考：百度百科-小興安嶺