1.位置不同：大興安嶺位於黑龍江省西北部、內蒙古自治區東北部，是中國最北的山脈之壹；小興安嶺位於黑龍江省中北部。
2.面積不同：大興安嶺總面積約32.72萬平方公裏；小興安嶺總面積約7.7萬平方公裏。
3.海拔高度不同：大興安嶺的最高峰是黃崗梁，海拔2029米；小興安嶺的最高峰是平頂山，海拔1429米。
4.自然環境不同：大興安嶺是中國最大的原始森林，森林覆蓋率約為74.1%，有大片的原始森林和珍稀野生動物；小興安嶺森林覆蓋率約為50%，森林資源也很豐富，但相對大興安嶺來說，森林資源相對較少。
5.氣候不同：大興安嶺屬於寒溫帶大陸性季風氣候，冬季漫長而寒冷，夏季短暫而溫暖，年平均氣溫在-5℃以下；小興安嶺屬於溫帶大陸性季風氣候，冬季寒冷幹燥，夏季溫暖濕潤，年平均氣溫在0℃-5℃之間。