有過了幾個月後本以為被X和ZERO打敗的西格瑪又復活了，沒有ZERO正準備壹個人出發的X被博士叫去，聲稱只要能找回ZERO的壹部分配件，也許能將ZERO復活，於是X便開始了，反抗西格瑪和尋找ZERO身體配件順便收集鎧甲的戰鬥，到最後X成功讓ZERO復活了，並壹起艱難的打敗了西格瑪，但西格瑪死前玩自爆炸壞了X的鎧甲，於是這套鎧甲又白找了。
幾個月後西格瑪再次出現，這次X和ZERO壹起行動，復活歸來的ZERO也從博士那裏的到了超強的電子光束劍，到了最後X和ZERO終於知道了西格瑪可以不斷復活的原因，因為西格瑪變成了病毒，X再次打敗西格瑪，實驗室開始爆炸、下沈，X到達最上層，打倒了病毒西格瑪，被ZERO救出，但被打壞了鎧甲，不過終於和平了。
過了不久壹支為了輔助反亂獵人的精銳部隊誕生了，可是他們全部變成了異常者。ZERO遇到了卡納爾的妹妹愛麗絲，同時雙面間諜（Double）也以C級獵人的身份進入第十七精銳部隊，去監視X。在進攻西格瑪的途中X和ZERO在打敗了卡納爾後被分開，由X去打敗雙面間間諜（Double），同時愛麗絲為了拯救哥哥卡納爾將病毒晶片植入自己體內，最後異常化，ZERO忍痛將其打敗。另壹邊的X因為善良的心放走了受重傷的雙面間諜（Double）。後來兩人合力才勉強打敗西格瑪。
幾個月後殖民地衛星發生了惡性爆炸破壞及機器暴走事件，接到命令的X和ZERO緊急出擊，原來是受到了西格瑪收買的賞金獵人戴納魔為了引開他們而設下的陷阱，這時，地球上也遭受了大面積的病毒感染，而且殖民地衛星也因為爆炸而改變軌道向地球沖來，為了拯救地球反亂獵人收集西尼格碼的部件並射擊殖民地衛星由拉西亞但是卻沒能消滅它，ZERO在和西格瑪病毒的作戰中沒被感染卻身體恢復。後來因為衛星沒有停止，ZERO決定駕駛火箭撞擊衛星，雖然成功了，但是卻出現了新的病毒，ZERO病毒。最後雖然打敗了西格瑪但ZERO卻被拼死壹擊的西格瑪用激光炮打死了。X也受了重傷，這時萊德博士的電子影像出現了，等X再醒來時已回到了基地，於是X拿著戰友ZERO的光劍，開始新的戰鬥。
大難不死的 X 手ZERO的光束劍繼續守護地球的和平和幫助進行復興計劃。災難過後，地上的環境變得荒蕪，人類轉到地下居住，由思考型機器人和重工型機器人負責重建工作。“歐拉西亞”墜落處旁的沙漠上，站著壹位穿著白袍的思考型機器人──蓋特，對這太空殖民地的廣大遺跡感到好奇的同時，他發現了壹塊與別不同旳碎片，決定把它帶回研究所分析。壹星期後，基特在研究所中發現該碎片擁有巨大力量，並開始加以利用。“歐拉西亞事件” 後三個星期，休息中的 X 被艾莉亞叫醒，到“歐拉西亞”墜落處阻止壹部故障的重工型機械。該巨型作業機械被打敗後發生爆炸，說時遲那時快，壹個與ZERO似的紫色身影降臨於 X 的面前，壹劍將那機械的殘骸斬至粉碎，再壹言不發地離開現場。 X 與艾莉亞不敢相信剛才發生的事，但危機又再次迫近，壹名自稱 High Max 的神秘思考型機器人緊隨紫色的ZERO他聲稱ZERO為壹個噩夢，並且挑起戰鬥。 High Max 的防禦力太強，他將 X 置儲不理，亦叫 X 不要插手。及後不久，基特的助手艾索克發表公開演說，聲稱“惡夢”現象日益瀕繁，而Zero的出現是當中的因由，有見及此，基特將會建立壹個脫離“惡夢”的國度，並且派出八位調查員去搜集“惡夢Zero”的資料。 X 對基特的動機深感懷疑，決定闖進調查區域去“調查這場調查”後與他們發生戰鬥。後來X遇到了噩夢ZERO將其打敗後真的ZERO終於出現了，他與X再次聯手，向西格瑪進攻。
這時會有兩種結局，如果後面接ZERO系列——X和ZERO全力進攻西格瑪，但終無法完全消滅它，於是ZERO犧牲了自己將西格瑪封印了，而戰後X為蓋特收屍，然後退出了反亂獵人的部隊。
如果後面接X7的劇情——X與ZERO壹起打敗了西格瑪，戰後為蓋特收屍，然後回了基地。