根據前述構建評價指標體系的要求與原則，結合當地實際情況和資料的獲取情況，並廣泛征求專家學者及相關人員的意見和建議，在借鑒已有研究成果的基礎上(李智廣等，1998；時光新等，1999；楊子峰等，2006；金瑾等，2008；程斯，2009；蔡國軍等，2009；曹波等，2011；蔔貴賢等，2011；鐘雲飛等，2011)，經過多次修改和完善，構建了小流域水土保持治理效益評價指標體系。
本研究將小流域水土保持治理效益評價指標體系的層次結構分為3層：選擇綜合效益作為系統的最上層——目標層(T)，生態效益(C1)、社會效益(C2)和經濟效益(C3)三方面構成中間層——子系統層(C)，影響這三方面的9 個主要因素構成最底層——指標層(P)，見表6.1。
表6.1 水土保持治理效益評價指標體系
生態效益是在小流域采取水土保持治理措施的過程中對自然與生態環境的影響，是評價指標體系的主要指標，可作為子系統層的第壹個子系統。生態效益子系統主要有下列3個指標組成：治理程度、林草覆蓋率與土壤侵蝕模數。
社會效益是指水土保持治理措施在具體方案的運行階段，受到社會各類因素的影響，將對方案的決策起到壹定的作用；水土保持治理措施可能又對社會產生影響。因此在建立評價指標體系的時候，社會效益因素是不能忽視的，是第二個子系統。社會效益子系統主要考慮以下3個指標：人均產糧、糧食單產與人均耕地。
經濟效益要考慮是否需要進壹步投資的問題，是影響治理模式選擇以及工程建設的主要因素之壹，也是決策者主要參考內容之壹，是第三個子系統。經濟效益子系統主要考慮以下3個指標：人均純收入、人均農業總產值與土地生產率。