作物生長發育過程中除了需要氮、磷、鉀、鈣、鎂、硫等營養元素外，還有壹些元素需要量很少，在植物體內的含量範圍壹般只有百萬分之幾至十萬分之幾，最高含量壹般不超過0.1%，而且在土壤中這些元素的含量也很低，這類營養元素總稱為微量元素，含有這些微量元素的化合物，並用作肥料的就是微量元素肥料。菜地常用的微量元素肥料有鋅肥、硼肥、錳肥、銅肥、鐵肥和鉬肥等幾種。
（1）鋅肥。
我國西北和華北地區土壤大範圍缺鋅，另外在江蘇北部、湖北、安徽等地的石灰性土壤中鋅的含量也較低。土壤中有效鋅的豐缺指標列於表11，其中DTPA提取值適用於石灰性土壤，0.1摩爾/升鹽酸提取適用於酸性和中性土壤。
北方地區土壤有效鋅含量小於1.0毫克/千克，南方地區土壤小於1.5毫克/千克就需要施用鋅肥。土壤有效鋅含量大於此值的地方應參照植株含鋅量進行診斷。壹般而言，作物葉片中鋅含量低於20毫克/千克時就需要施鋅。
表11 土壤有效鋅含量豐缺指標
常用的鋅肥有硫酸鋅、氧化鋅和氯化鋅等幾種。硫酸鋅是最常用的含鋅微肥，工業品硫酸鋅有七水硫酸鋅（ZnSO4·7H2O）含鋅22%，和壹水硫酸鋅（ZnSO4·H2O），含鋅35%兩種，白色或淺紅色結晶，易溶於水。氯化鋅（ZnCl2），含鋅40%～48%，白色結晶，易溶於水。這兩種鋅肥均是水溶性的，宜作追肥和葉面噴肥或作拌種施用，也可作基肥。葉面噴肥濃度為0.2%～0.3%，拌種每千克種子用1～3克鋅肥，須先和鈣鎂磷肥等混勻後再拌種。氧化鋅（ZnO）含鋅60%～80%，白色粉末，不溶於水，宜作基肥施用，每畝1.0～2.5千克。
（2）錳肥。
質地偏沙，pH較高（＞6.5），含碳酸鈣較多的土壤容易缺錳，土壤排水不良時更易引起錳的缺乏。土壤有效錳的豐缺指標見表12。
表12 土壤有效錳豐缺指標
與大田作物相比，多種蔬菜對錳的需要量較高，土壤供錳不足時容易引起缺錳而減產。蔬菜中需錳較多的有洋蔥、萵苣、豌豆、大豆、馬鈴薯、菠菜、蕪菁等；需錳中等的有蘿蔔、胡蘿蔔、番茄、芹菜、甜菜等；菜花、甘藍則需錳較少。壹般作物葉片內含錳量小於20毫克/千克時即需要施錳肥，番茄等蔬菜作物葉片缺錳臨界值在40毫克/千克左右。
常用錳肥有硫酸錳、氯化錳等。硫酸錳的化學分子式是MnSO4·H2O，含錳26%～28%；氯化錳的化學分子式是MnCl2·4H2O，含錳27%，兩者都是粉紅色結晶，易溶於水，水溶液也呈粉紅色。硫酸錳和氯化錳均可作基肥，追肥或葉面噴肥施用。水溶性錳在中性和微堿性土壤中容易轉化成難溶性錳，肥效降低，所以，用作葉面噴肥的效果明顯高於土施。噴施用硫酸錳濃度壹般為1000毫克/升左右，作基肥時畝用量約1～4千克，基肥可用緩效性錳肥如含錳玻璃肥料（錳含量10%～25%）、氧化錳（含錳41%～68%）、二氧化錳（含錳63%）等，用量可視其錳含量增減。
（3）硼肥。
我國南方地區酸性土壤缺硼面積較大，在北方地區的黃綿土、黃潮土和白漿土上也有缺硼土壤分布。用沸水提取的土壤有效硼豐缺指標見表13。
表13 土壤有效硼豐缺指標
許多蔬菜作物喜硼，植株體內含硼量高於大田作物，表14與表15是幾種農作物含硼量的比較和臨界指標。
表14 幾種作物的含硼量
表15 幾種蔬菜作物植株含硼量臨界指標
在上述土壤豐缺指標和植株臨界指標中均列出了中毒含硼指標值，這是因為硼雖然為植物所必需，但作物對硼比較敏感，易缺也易中毒，所以施用硼肥時必須註意。
常用的硼肥有硼砂和硼酸。硼酸（H3BO3）含硼17.5%，硼砂（Na2B4O7·H2O）含硼11.3%，均為白色結晶或粉末，可溶於水，用作基肥、種肥和葉面噴肥。土壤有效硼含量＜0.2毫克/千克的嚴重缺硼土壤，宜將硼肥作基肥施用，每畝0.5千克硼砂。土壤有效硼含量0.2～0.5毫克/千克的土壤，硼肥作基肥或追肥均可。土壤有效硼含量0.5～0.8毫克/千克的土壤宜采用葉面噴施硼肥的辦法補充硼，壹般濃度宜控制在2000毫克/升左右。
（4）鐵肥。
土壤中有效鐵含量差異很大，壹般北方石灰性土壤有效鐵含量很低，南方水田土壤中的含量往往較高。用DTPA提取的土壤有效鐵含量臨界值為2.5～4.5毫克/千克，小於2.5毫克/千克的土壤為缺鐵，必須施用鐵肥。
常用鐵肥品種有硫酸亞鐵、硫酸亞鐵銨、絡合鐵等。硫酸亞鐵（FeSO4·7H2O）含鐵19%～20%，淡綠色結晶，可溶於水，晶體在空氣中易吸潮，被空氣氧化成黃色或鐵銹色。硫酸亞鐵銨含鐵14%左右，化學性狀與硫酸亞鐵相似。這兩種無機鐵肥土施無效，葉面噴施濃度壹般為0.2%～0.3%，但效果不穩定。絡合鐵噴施效果優於無機鐵肥，但價格較貴。硫酸亞鐵與有機肥混合施用可提高其效果。
（5）銅肥。
酸性土壤中銅的有效性高，pH在7左右的中性土壤有效銅含量最低，堿性土壤中有效銅含量又變高。農作物缺銅較多發生在泥炭土、沼澤土和部分石灰性土壤上。土壤有效銅的豐缺指標見表16。
表16 土壤有效銅豐缺指標
上表中DTPA法適用於石灰性土壤，鹽酸法適用於中性和酸性土壤。
常用銅肥是五水硫酸銅（CuSO4·5H2O），含銅量24%～25%，藍色結晶，易溶於水，水溶液酸性，有毒，可直接作農藥防治病害。作基肥施用時，每畝用量1～2千克，隔3～5年施用壹次。葉面噴肥用濃度0.2%～0.3%，可在溶液中加入少量熟石灰（0.15%～0.25%）以防藥害。
（6）鉬肥。
土壤中鉬的可給性與土壤酸堿度有關，酸性土壤容易缺鉬，隨著土壤PH增加，土壤鉬對植物的有效性提高。我國北方的黃土高原和以黃土為母質形成的土壤也因含鉬量低而易缺鉬。土壤有效鉬的豐缺指標見表17。
表17 土壤有效鉬豐缺指標
常用鉬肥為鉬酸銨與鉬酸鈉。鉬酸銨含鉬50%～54%，白色或淺黃色棱形結晶，易溶於鉬酸納含鉬35%～39%，白色棱狀結晶，也易溶於水，主要用於葉面噴肥，濃度壹般為0.01%～0.1%。施用時先將鉬肥用少量熱水溶解，再用冷水稀釋到所需要的濃度。