第壹個不同：酒精性馬克筆可在任何光滑表面書寫 ；水性馬克筆比較容易損傷紙面。
第二個不同：酒精性馬克筆速幹、防水、環保；水性馬克筆只有在幹掉之後才可防水。
第三個不同：酒精性馬克筆可用於繪圖、書寫、記號、POP廣告等；水性馬克筆，不限紙材、各種素材都可以上色。
擴展資料：
1、馬克筆的色彩種類較多，通常多達上百種，且色彩的分布按照常用的頻度，分成幾個系列，其中有的是常用的不同色階的灰色系列，使用非常方便。
2、它的筆尖壹般有粗細多種，還可以根據筆尖的不同角度，畫出粗細不同效果的線條來。
3、馬克筆具有作畫快捷、色彩豐富、表現力強等特點，尤其受到建築師和室內設計師的青睞。利用馬克筆的各種特點，可以創造出多種風格的室內表現圖來。
4、如用馬克筆在硫酸紙上作圖，可以利用顏色在幹燥之前有調和的余地，產生出水彩畫退暈的效果；還可以利用硫酸紙半透明的效果，在紙的背面用馬克筆作渲染。
百度百科-馬克筆