科技園的建設是壹個龐大的系統工程，建立良好的管理機構和運行機制，是科技園高效運行和健康發展的基礎。吉林大學科技園以市場為導向，根據自身的具體情況，建立了如下的管理
機構和運行機制。
吉林大學科技園指導委員會
吉林大學科技園指導委員會由吉林省、長春市、長春高新技術產業開發區和學校有關領導組成。它的職能是宏觀指導大學科技園的建設，制定大學科技園發展戰略，協調有關單位給予支持，營造大學科技園發展的良好環境，推進科技園建設與地方經濟的結合。
吉林大學科技園專家咨詢委員會（籌）
吉林大學科技園***建領導小組
吉林大學科技園***建領導小組由吉林大學與長春高新技術產業開發區有關領導組成，旨在協調吉大科技園與高新區各職能部門間的工作，吉林大學科技園建設管理辦公室是其執行機構。
吉林大學科技園領導小組
吉林大學科技園領導小組由學校有關領導及相關職能部門負責人組成，它是吉林大學科技園的決策機構，定期召開專門會議研究科技園建設發展的重大事宜，協調科技園與校內各部門間的關系。
吉林大學科技園辦公室
吉林大學科技園辦公室是吉林大學科技園領導小組的日常工作機構，負責制定大學科技園的發展規劃，實施園區的建設和發展，落實政府與學校給予園區的各項優惠政策，協調有關職能部門與園區企業的橫向關系。
吉林大學科技園發展中心
吉林大學科技園發展中心是吉林大學獨資的法人企業，註冊資金1000萬元人民幣，由吉林大學主管副校長任總經理。吉林大學科技園發展中心實施企業化運作，並與北京金正聯合投資管理公司***同發起設立長春吉大科技園建設發展有限公司。
吉林大學科技園將以企業化形式進行運作，園區內企業按現代企業制
度運作。