玩家（遊戲內艦娘們會稱玩家為“提督”或“司令”）為通過收集不同類型的萌擬人化軍艦卡片“艦娘(かんむす)”，並編制不同的艦隊與敵人戰鬥獲得勝利。每壹位艦娘的插畫及人物設定皆以軍艦的外型及特征為藍本，而戰鬥時使用的數值，是對應該艦在歷史上於不同海戰中發生的事件及其他要素，簡單地表現出來。艦娘所裝備的主炮等武器也是以真實存在的兵裝能力數值化後的產物，所以該遊戲作為卡牌遊戲的同時，亦是模擬海戰的戰爭遊戲。
玩家可進行的指令，分為出擊、編成、補給、改裝、入渠及工廠6種。在遊戲開始時可得到1位艦娘及壹些資源，增加艦娘數目的方式，除了建造（“工廠”內其中壹個指令）外，也可以在打倒敵人後拾得掉落的艦娘。而艦娘的育成，則為在出擊後借著等級上升來強化，並用以編制強大的艦隊。艦娘的建造與修理，必須使用的物資為燃料、彈藥、鋼材及鋁土礦這4種參數。這些物資會隨時間經過自動增加。玩家亦可以通過遠征（“出擊”內其中壹個指令）來增加所擁有的物資。
玩家被指派進行任務（探索）後，在滿足完成任務的條件時會獲得燃料及彈藥作為獎賞，亦有可能取得強力的艦娘，或者增加1個能擁有的艦隊等特典。
艦娘本身均設有耐久度，輕微損毀時會在其圖標上噴出黑煙，而在中度損毀或以上的狀態其插畫會出現變化。耐久度降至0時即被判定為“擊沈”，在對殘存的艦隊留下遺言後該艦娘將會消失（損失）。沒有任何方法可令被擊沈的艦娘復活，只可以重新訓練同種艦只作為替代。但裝備有應急修理要員的艦娘被擊沈時可以回復至大破狀態，但會消耗壹個應急修理要員，另外氪金道具應急修理女神可以使艦娘直接回復至滿狀態。
敵方艦隊被稱為“深海棲艦（しんかいせいかん）”，是以軍艦與輸送艦等所構成但實質不明的壹群怪物。雖然多數怪物的形狀與生物不甚相似，但是戰艦與航空母艦等強力的敵人則為女性的形態。在期間限定的特別活動及部分高難度的場景中登場的“深海棲艦”，會被被賦與“鬼”“姫”“浮遊要塞”等與壹般艦種有別的特殊名稱，而其登場的場景亦與通常的敵人有所不同。
遊戲每季度還會推出限定活動，限定活動壹般持續2周時間，期間會獨立開放新的海域和地圖，難度較大，通關會給予豐厚的獎勵，也是新艦娘、新裝備、新敵艦集中實裝的時期。
當艦隊完成作戰、演習或遠征後，會消耗資源中的燃料和彈藥（航母還需要補給鋁材），這時就需要對艦隊進行補給。艦娘對資源的需求量按艦種級別會逐步上升，改造後的艦船的需求量也會較改造前上升。如果不能及時為艦隊補給，艦娘出擊後疲勞的概率會大大增加，也會更容易被敵艦擊中受損。所以玩家們在讓艦隊出擊前先關註壹下自己的資源還夠不夠用吧。
遊戲中艦娘和裝備的主要獲取方式之壹就是工廠中的建造和開發，當然這也是最耗費玩家資源的地方，建造艦娘所需的資源從30~7000不等，開發裝備的最大資源消耗量也會達到300，而且建造時間也會隨著艦種級別的上升而延長，最高可達到8小時，當然遊戲中提供了可以快速完成的氪金道具。同時工廠中還可以將不需要的艦娘和裝備拆解來換取少量資源。初始建造船塢為兩個，玩家可以通過氪金來增加船塢。
改修工廠
10月26日的更新維護中實裝了工作艦明石的新功能——改修工廠。在改修工廠中，玩家可以將部分現有裝備通過投入資源實現裝備的改修強化，單次改修成功後裝備會提升壹個星級，依此類推，裝備的最大改修星級為10級，10級後部分裝備可以繼續改修為無法通過工廠開發獲得的新裝備。當然每次改修除了需要投入資源外還需要氪金道具——強化素材，壹些日常任務會獎勵少量強化素材。同時星級越高，改修成功的難度就越大，消耗的資源會更多，並且失敗後消耗的資源不會回復。
改修工廠開啟方法：將工作艦明石設為旗艦後返回主界面，將鼠標指針停留在“工廠”選項後會彈出“改修工廠”選項，點擊即可開啟。
改裝指令中又分為近代化改修（合成）和改造，同時在這裏還可以更換艦娘的裝備，裝備欄最大為四格。近代化改修類似於卡牌遊戲中的合成，可將最多5只副艦娘合成進主艦娘中，但合成後不提升艦娘等級，而是提升其能力值（除耐久）。不同艦種的艦娘提升的能力值不同，如驅逐艦可提升雷裝和裝甲，航空母艦提升對空值等等。當艦娘達到壹定等級後可以進行改造，艦娘普遍只有壹次改造機會，部分艦娘可以改造兩次及以上，改造後艦娘的能力值會大幅上升，這也是為數不多的可以提升艦娘耐久的途徑。
遊戲的核心玩法。出擊指令中又分為出擊、演習和遠征。
出擊
指揮艦隊駛入外海與深海棲艦——遊戲中的主要敵人作戰。分為鎮守府海域、西南諸島海域、北方海域、西方海域、南方海域和中部海域，越往後難度越高。每個海域中有四個基本作戰地圖（部分海域有額外地圖），這些作戰名稱基本改編自太平洋戰爭中的史實戰役。每幅地圖中可能存在多條路線，這些路線通常是隨機選擇的，部分路線有限定的艦隊編制才能通過。路線中包含若幹個路徑點，紅色代表戰鬥，綠色代表資源，藍色代表安全，紫色代表漩渦（會扣除少量資源）。玩家必須將圖中Boss擊破才能解鎖下壹地圖，後期地圖中Boss需要反復多次才能擊破。路線中每次戰鬥過後可以根據情況選擇撤退以保證艦隊安全，返航後消耗燃料和彈藥，需要進行補給；如果艦娘受損則需要入渠維修。
演習
讓艦隊與其他玩家艦隊進行對抗，即PVP模式。演習模式每天會定時刷新兩次，每次提供5位玩家，只能與每位玩家演習壹次。所提供玩家只與自己的戰果排名匹配，等級不壹定相近。演習中獲得的經驗往往高於出擊，所以壹定要積極參加演習。戰鬥過程與出擊模式相似，只是演習中，雙方艦船都不會被擊沈，演習結束後艦娘所受到的壹切損害均消失，但仍然消耗燃料和彈藥。
遠征
命令艦隊遠征探索資源，是遊戲中除了自然回復以外最佳的資源獲得方式。和出擊模式相似，遠征模式中也將任務劃分在6個海域內，越往後遠征難度越大，但獲得的資源也越多。遠征模式只能使用第2、3、4艦隊參加，遠征中不會觸發戰鬥，但想要使遠征成功要有正確的艦隊編制，否則失敗率為100%。遠征模式中除了可以獲得資源，還可以作為支援艦隊協助主力艦隊在出擊模式中的作戰，但只限於目前難度最高的南方海域和壹些限定活動海域中，玩家們也可以合理運用支援艦隊來使自己獲得更高的勝率。 遊戲中***有4種資源，燃料，彈藥，鋼材，鋁。資源可以自然增加，燃料、彈藥、鋼材每3分鐘增加3點，鋁資源每3分鐘增加1點。資源還可以依靠完成任務、完成遠征增加，或在遊戲的商城中氪金購買。資源都有其相應用途，燃料和彈藥是出擊必備資源，鋼材在造船和維修中極為重要，鋁是航母艦載機的重要資源。資源是相當寶貴的，使用前請慎重考慮用途，不要大肆揮霍。資源的自然恢復上限是根據妳的提督等級來計算，當妳的資源積累達到上限之後，便不會再自然增加了，只能通過完成任務和完成遠征來增加，因此合理囤積也是必要的。
此外還有用以建造和開發用的開發資材，能夠快速修復受損艦娘的高速修復材料，以及可以加快建造的高速建造材料，這些材料也可以通過任務和遠征獲得。 艦隊在不同戰鬥中會變換不同的陣形來發揮艦隊優勢，《艦Colle》中提供了5中陣形：
單縱陣：基礎陣形，艦隊艦船3艘以內時強制選擇，攻擊特化陣型，大幅提升炮擊和雷裝傷害，對潛能力低。
復縱陣：艦船4艘及以上可選，80%炮擊火力，120%對空（非制空炮），炮擊命中增加20%。
輪形陣：160%對空，可以壹定程度降低對方開幕空襲傷害，但是會大幅削弱炮戰和夜戰傷害。艦船5艘及以上可選。
梯形陣：壹切未知的陣型
單橫陣：提升反潛能力和雷擊回避能力的陣型，炮擊和雷裝傷害大幅降低，雷裝命中率大幅下降。艦船4艘及以上可選。 聯合艦隊首次運用在2014年夏季活動，現只能在期間限定海域的部分地圖使用。分為水上打擊部隊和空母機動部隊兩種編成方式，都由第壹艦隊與第二艦隊***12只艦娘組成，但兩個艦隊的攻擊順序有所不同。當第壹艦隊旗艦裝備“艦隊司令部設施”時，第壹和第二艦隊旗艦外的壹只艦娘大破時，可以選擇第二艦隊小破狀態以上的艦娘壹起退避，退避後將不會在接下來的作戰中受影響但不會獲得經驗，且兩只艦娘疲勞值歸零。
聯合艦隊陣形：
聯合艦隊有不同於通常艦隊的陣形，***四個陣形。
第壹警戒航巡序列（對潛警戒）：類似於單橫陣，屬於對潛陣形。
第二警戒航巡序列（前方警戒）：類似於復縱陣，暫時是中庸型陣型。
第三警戒航巡序列（輪行陣）：類似於輪行陣，具有旗艦援護功能。
第四警戒航巡序列（戰鬥隊形）：類似於單縱陣，攻擊特化。 遊戲中的主要敵人。在官方出版的作品中，據說是被擊沈的艦船的怨靈，由於怨氣無法消失而形成反抗人類勢力的暗黑生物。深海棲艦的等級或排水量越高，越接近於人形。有些關卡中會出現紅色的精英級（elite）棲艦和金色的旗艦級（flagship）棲艦。在2014年3月14日更新之後，出現了圍繞金色光芒，左眼放出藍色火焰的旗艦改級（flagship改）。普通深海棲艦的艦級命名是按先後順序以伊呂波歌命名的。
驅逐艦：驅逐イ級、驅逐ロ級、驅逐ハ級、驅逐二級
輕巡洋艦：輕巡ホ級、輕巡ヘ級、輕巡ト級、輕巡ッ級
重雷裝巡洋艦：雷巡チ級
重巡洋艦：重巡リ級、重巡ネ級
戰艦：戰艦ル級、戰艦タ級、戰艦レ級
航空戰艦：戰艦レ級
輕空母：輕母ヌ級
正規空母：空母ヲ級
輸送船：輸送ワ級
潛艇：潛艇カ級、潛艇ヨ級、潛艇ソ級
浮炮臺：浮遊要塞、護衛要塞
鬼姬型深海棲艦：
《艦Colle》中，具有鬼、姬、戰鬼、戰姬為銘牌的深海棲艦為深海棲艦的上位個體，具有超乎普通深海棲艦的能力。分為海基型與陸基型，海基型與普通深海棲艦相似，陸基型則免疫壹切雷擊，但三式彈可對其造成2.5倍的傷害。
除了裝甲空母鬼與裝甲空母姬之外的鬼姬型深海棲艦具有CV配音。
陸基型：港灣棲姬、飛行場姬、離島棲鬼、北方棲姬、中間棲姬、港灣水鬼、泊地水鬼
驅逐艦：驅逐棲姬
輕巡洋艦：輕巡棲鬼
正規空母：空母棲鬼、空母棲姬、空母水鬼
航空戰艦：泊地棲鬼、泊地棲姬、裝甲空母鬼、裝甲空母姬、南方棲鬼、南方棲戰鬼、南方棲戰姬
戰艦：戰艦棲姬、戰艦水鬼