黑歷史階段（PC-98）平臺：
東方靈異傳：
這裏是存在於東之國度的小小的神社“博麗神社”。因為這裏總發生許許多多的怪事，普通的人類都不敢接近。但是，山下的人類的村莊流傳著“不像人的什麽”的傳說。這個神社裏有個代代擁有神通力的女性，也就是巫女存在，這是因為這裏是地獄和魔界，“不像人的什麽”住在這兩個世界的交接點。
很久很久以前，為了將這裏橫行的妖怪、惡魔等封印，集結在全國各地有力的修行者、退魔師，
終於集合，成功地封印了它們。但這時反作用力非常巨大，將集結起來的人們也全部消滅了。
就在這時，那種程度的封印的有效力也十分的微薄了。十足的樂天派博麗靈夢壹時心血來潮闖入了“大門”。知道在這裏有退魔效力的，除了博麗神社最大的秘密武器“陰陽玉”的東西，暫時沒什麽辦法。
靈夢：“嘛，總有壹日。無論怎樣也得好好地使用陰陽玉呢。”
會發生什麽呢……
東方封魔錄：
巫女博麗靈夢在山上進行的“訓練”時間完結回來後，發現博麗神社被壹群的妖魔鬼怪所侵入。在興奮著擁有可以測試她那無經驗能力的機會，她拿著強大的博麗陰陽玉並騎著她的烏龜“玄爺”上將它們所摧毀以找尋出這入侵事件的源頭。
東方夢時空：
這裏位於某個東方國度的山中，博麗神社大致還是很平靜的。因為博麗神社的巫女、靈夢實際上擁有卷入奇異事件的體質（本人也有點特別），如果沒有發生奇異事件，就會閑得不得了。
主人公有空的話，不可能不發生什麽事：在決定打掃庭院還是從神社出去時，靈夢發現了遺跡。
靈夢「什麽嘛，在神社的附近居然有遺跡。明明直到昨日還沒有的說！！（怎麽辦）」
魅魔「啊，靈夢也來了啊」
靈夢「哦，是魅魔啊。話說，仔細看，有不少人都在啊」
靈夢「到底怎麽回事，這個遺跡」
魅魔「根據古代的傳說，在這個遺跡裏沈睡著可以給來者幸福的什麽東西。」
靈夢「什麽嘛，就像是那種形跡可疑的宗教的勸誘壹樣的傳說。而且，直到昨天
還沒有這東西呢。雖說如此，這到底算什麽啊，那個所謂的傳說～。」
魅魔從口袋裏拿出壹張折疊著的紙頭。靈夢展開了那張紙。
那張紙上這麽寫著。
「 古代遺跡，‘夢幻遺跡’
本日10點 開店
····
我們會為造訪遺跡的來賓，提供讓您得到幸福的禮物，
衷心期待著各位的來臨。 」
靈夢「什麽っ☆」……
東方幻想鄉：
壹如既往清閑的巫女博麗靈夢正為缺乏“刺激”而覺得無聊……
「啊～啊，怎麽沒有什麽工作（有趣的事情）啊」她說。
突然大量的妖怪和其他什麽的把神社圍了起來，自做自受。
靈夢「嗚誒～什麽啊～」
靈夢壹下子忙活起惡靈退治來。
靈夢「唔嗯～這樣下去神社會壞掉的啊！沒辦法了呢。找出原因後擒賊擒王啦！」
無意中（不要小看巫女的無意中）踏足於神社後山中壹片湖中奇怪地方的靈夢，趕忙向山的另壹邊奔去。
（要說的話，這種時候無人的神社才會壞掉……）
靈夢「果然，這裏很怪啊。數量驚人的惡靈啊。」
靈夢「久違的工作（惡靈退治），好興奮啊～！！」
——另壹邊廂。
魔理沙「唔嗯～什麽啊，這魔力。」
強大魔力的持有者霧雨魔理沙，理所當然被強大的魔力所吸引。
魔理沙為了把這力量據為己有而向信號源而去。
魔理沙「真走運啊。這麽大量的魔力是打哪兒來的呢？」
魔理沙瞞著靈夢向湖而去。應該是……
就這樣，兩個人各懷心事向著湖出發……嗯～
東方怪綺談：
就像平常的情況壹樣，幻想鄉出現了異常。大量惡魔從山上的壹個洞裏湧入。為了找到這次入侵的源頭，博麗靈夢和她的同伴必須穿越魔界去對抗這情況的幕後操縱者。
正傳（windows平臺）：
東方紅魔鄉：
當時是幻想鄉的夏季。但是，那壹天不知什麽原因，整個幻想鄉的天空籠罩著壹片紅色濃霧。日光被遮住，使得這個幻想鄉的夏天顯得格外寒冷。
博麗神社的巫女－博麗靈夢為了避免這片紅霧影響到人類的正常生活，因此對此事件展開調查。她在直覺影響之下，向湖的方向出發了。
普通的魔法使－霧雨魔理沙正在空中觀覽著湖，突然發覺紅霧把視線都擋住了。想到怪物和人壹樣都是不靠水就不能生存之下，魔理沙就毅然向湖的方向出發了。
頭目：露米婭→琪露諾→紅美鈴→帕秋麗→十六夜→雷米莉亞，芙蘭朵露（EX）。
東方妖妖夢：
溫暖的季節過去，冬季也到臨幻想鄉。雖然人類經歷過很多個冬季，對這種季節順其自然，但是幻想鄉中的妖怪們仍然因此季節而吵吵鬧鬧。但是，本來幻想鄉的雪應該溶去、溫暖的季節應該再次來臨的，可是壹直到了5月，仍然未見春季到來的跡象。
博麗神社的巫女，博麗靈夢比較害怕寒冷。神社在這漫長的冬天中滿布積雪，使得內外皆冷。因此靈夢和以往壹樣也是靠著直覺而出發了。
普通的魔法使，霧雨魔理沙既討厭冬天，又喜歡冬天。有壹天，她發現吹來的雪中混有了櫻花的花瓣，為了找尋那些花瓣的來處，於是又出發了。
紅魔館的女仆長，十六夜咲夜當時正在溫暖的屋子裏享用紅茶。原先在入冬前已準備好的燃料，如今因為意想不到的長冬而面臨耗盡。為了在燃料耗盡前讓這個冬天完結，咲夜在得到蕾米莉亞的許可下出發了。
頭目：琪露諾→蕾蒂→八雲橙→愛麗絲→莉莉霍瓦特→普莉茲姆利巴樂團→妖夢→幽幽子，八雲藍、八雲紫（EX）。
東方永夜抄：
正當夏季要過去的時候，幻想鄉又再壹次發生異變。本來在這壹晚裏會出現滿月，但是月亮似乎因為某些事故以無法完整出現。這情況對人類來說沒有什麽特別，但對妖怪來說則是生死攸關的問題。
在幻想鄉的境界棲息的妖怪八雲紫察覺到這次異變的發生，因為自己壹個人不方便行動，所以就邀請了博麗神社的巫女博麗靈夢壹同出發解決異變。
在魔法森林居住的魔法使愛麗絲·瑪嘉托洛伊德看見沒有人要去解決異變之下，找來了同樣住在魔法森林的人類霧雨魔理沙作為同伴出發。
紅魔館的主人——吸血鬼蕾米莉亞·斯卡蕾特，把家事交托給十六夜咲夜後就自行出發了。但最後咲夜還是跟上了蕾米莉亞壹起行動。
白玉樓的主人－亡靈西行寺幽幽子則隨便地與庭師－魂魄妖夢出外東西四走。
以壹人壹妖組成的四個組別，為了讓滿月能再次出現，於是在幻想鄉中四處巡回。
頭目：莉格露→米斯琪→慧音→靈夢、魔理沙→因幡帝→鈴仙→永琳→輝夜，妹紅（EX）。
東方花映冢：
春天到臨，百花盛放。這壹年裏，所有不同季節盛開的花都壹概在同壹個季節內盛放。幻想鄉的所有少女們很快就察覺到這次異變的發生。為了解決異變，有些是因為好奇，有些是因為感到有責任，還有些因為覺得很沈悶，大家都各自出發尋找解決辦法。很快地，少女們都在紅魔館附近的“霧之湖”處出發，開始四處探求異變的解決方法。
東方風神錄：
（有些難以捉摸的樣子……）
東方地靈殿：
在下著雪的冬季裏，博麗神社經過修復之後，從倒塌了的狀態中回復過來。不久有壹天，博麗神社附近突然有泉水噴出。受此影響，博麗神社的參拜客增加。可是，正當靈夢為此感如欣喜之時，卻發現到泉水那邊有怨靈湧出。靈夢感到非常驚慌，不過見那些與泉水壹起出來的地靈也對她沒有什麽問題，所以靈夢繼續享受溫泉。另壹邊廂，紅魔館裏的帕秋莉·諾雷姬看見地底下的妖怪和地靈來到地上，感覺事態嚴重，與八雲紫相討形勢。在不直接以妖怪之身幹涉地底事情的情況下，妖怪們委托靈夢及魔理沙進入地底，而她們則留在地上對兩人作出支援。
頭目：琪斯美→黑谷→帕露西→勇儀王→古明地覺→火焰貓燐→靈烏路空，古明地戀（EX）。
東方星蓮船：
土地解凍，各種亂七八糟的東西都從以前被冰所覆蓋的大地蘇醒過來。
在幻想鄉中僅存的積雪，將在這個冬天醒來的地靈封印、和壓制著妖精們讓他們不至於太活躍，已有壹段時間了。如今，這個安穩的睡眠之季節終於要告終結。
博麗神社的巫女博麗靈夢從住在森林的魔法使的口中聽到不可思議的傳聞，說她看見雲的斷層間有很不可思議的船飛在那裏，而那船好像是在找尋著什麽而不斷在雲間回遊。
博麗巫女博麗靈夢、普通的魔法使霧雨魔理沙、還有守矢神社的風祝東風谷早苗，為了追上那艘船，於是三人同壹時間向著天空出發了。
頭目：娜茲玲→小傘→雲居→村紗水蜜→寅丸星→聖白蓮，封獸鵺（EX）。
東方神靈廟：
幻想鄉中突然湧現神秘的靈體。
人類、妖怪、以及妖精將那些東西稱之為神靈。
對這個異變感到在意的少女們，便向著可能與這件事有關的冥界奔去。
頭目：幽幽子→幽谷響子→小傘→芳香→霍青娥→屠自古→布都→風聰耳神子，封獸鵺、二巖猯藏（EX）。
東方輝針城：
靈夢、魔理沙與咲夜這三人的武器，不知何故突然擅自動了起來，在此同時，各處原本安穩生活著的妖怪也開始造反，讓幻想鄉陷入十分不妙的情況，靈夢等三人因此展開行動，是要拿起武器戰鬥呢,還是要舍棄武器?
外傳系列：
東方翠夢想：
每三天總有壹次宴會
在漫長的冬天過去後，短暫但是盛大的春天下，幻想鄉的居民準備要去欣賞遲來的春天，但樂園的巫女卻有事不得不掛懷，幻想鄉中開始出現了不穩的妖氣和妖霧，妖霧的濃度逐漸高漲，與其相反的是,雖然這股妖氣持續不斷，但是卻也什麽事情都沒發生。
就在犯人和動機都完全不清楚的情況下，就在離下次的宴會還有三天的時間下，幻想鄉的少女們踏出了尋找真相的步伐。
“下次的宴會之前、我壹定要把發出這股妖氣的原因給解決！”
此次異變的元兇為喜愛熱鬧與宴會的鬼，伊吹萃香。
因為熱鬧的春天遲遲沒來,等來的時候後卻只剩短暫的壹些時間,所以萃香壹怒之下使用了萃集的能力
萃香讓所有人不知不覺中,每三天就開壹次宴會,而她本人則化為霧狀偷偷參加，最後借著紫的能力找到了真兇。
此次事件過後，萃香開始頻繁出沒在博麗神社。
東方緋想天：
比那名居家原本是負責守護鎮壓地震之要石的神官。
但是，比那名居家的要石形同虛設，地震時有發生。
因為頻繁的地震而無法完成負責地震處理的天人大村守的工作，當時幻想鄉壹帶的地震就被大村守委派給了名居壹族。
名居壹族是地上的神官，死後被稱為名居守，在山中池水邊上的祠堂裏被視為神明祭拜。名居守至今也靜靜地守護著幻想鄉。
而與此同時，在生前作為名居守部下的比那名居壹族，也因這個功績而得到褒獎，得以在天界居住。
但是，比那名居壹族與其他的天人不同，並沒有積累過足夠的修行，僅僅是供名居守差遣，所以不具備天人應有的品格，在天界被稱為不良天人。
比那名居地子只是沾了父母被名居守差遣的光而附帶著成為了天人的小孩子罷了。 地子在成為天人的時候，把名字改為了天子。
天子並不喜歡自己在天界的處境，多次偷偷觀察著幻想鄉，對村中的人類和鄉裏的妖怪們懷有羨慕之意。
然後有壹天，幻想鄉的妖怪們以自己的力量引發了異變，在幻想鄉境內引發騷動並以此為樂。天子看在眼裏，不禁沈思。
「我，對無聊的天人生活已經忍無可忍了！就憑我的話，也是可以引發個異變的」
於是天子離開了自己的家。
帶著天界的道具——緋想之劍……
東方文花帖：
文花帖，那是幻想鄉的文庫，天狗射命丸文為了發行《文文。新聞》而用作記下所見所聞的筆記本。射命丸文為了采集資料，而遊走於幻想鄉各地，向不同的人類和妖怪作出采訪。
東方心綺樓：
接二連三的天地異變，無法違抗的天災的恐怖、
這些給人類之裏帶來了悲觀的潮流。
郁悶的氛圍在人裏打轉著。
但那並不是絕望感。
那比較接近“無論做什麽，人類的未來都不會改變的”這種壓迫感。
“這樣不是挺好的嘛！”
不知究竟是誰發起的，似乎傳來了這種聲音。
對啊，什麽都改變不了的話，做什麽都好不是嗎？
對啊，更加地活在當下及時行樂不是不錯麽。
漸漸地村裏人們的心得到了解放，於此同時秩序也被打亂了。
對於這副景象有群人抱持著不同的觀點，那就是宗教家們。
宗教家們打著要掌握混亂人心的算盤。
因為在將秩序恢復地同時，就會是收集自己信仰的大好機會。
在幻想鄉建立了寺廟的僧侶，舍棄了俗世以不老不死為目標的道士，還有想要復興神權的巫女。
她們下定了決心。
這種時候“正該輪我上場了”。
來吧，將各自的信念付諸武器，展現魅力的戰鬥，爭奪人氣吧！